牡蛎常见原虫及其快速检测方法研究
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派琴虫(Perkinsus)、包拉米虫(Bonamia)、马尔太虫(Marteiliarefringens)、闭合孢子虫(Mikrocytos)、尼氏单孢子虫(Haplosporidiumnelsoni)和沿岸单孢子虫(Haplosporidiumcostale)是养殖贝类最主要的寄生虫病病原,在许多国家和地区均有分布,被世界动物卫生组织(OIE)和亚太水产养殖网络中心(NACA)列入重要水生动物疫病名录。本研究对我国东南沿海海区养殖牡蛎中的寄生原虫感染情况进行了调查,对不同地区采集的派琴虫ITS基因序列进行了比对与分析,并建立了同时检测包拉米虫、派琴虫和尼氏单孢子虫的多重PCR检测方法。为贝类原虫在我国沿海的分布、流行、变异及疾病防控提供了重要的参考资料和技术支持。本研究内容包括四个部分:1、从厦门海区采集菲律宾花蛤和牡蛎样品,建立了派琴虫液体巯基乙酸盐培养法,成功培养到派琴虫休眠孢子,经卢戈氏碘液、吉姆萨染色和无染色三种方式对其形态学进行观察。同时观察到派琴虫以二分裂的方式进行繁殖。2、采用OIE推荐引物建立了六种常见贝类原虫病PCR检测方法和种类鉴定方法,并运用这些方法对我国福建、广东、海南等东南沿海八个地区采集的559份养殖牡蛎样本进行检测和种类鉴定,结果表明:我国东南沿海养殖牡蛎普遍存在包拉米虫、派琴虫、尼氏单孢子虫和沿岸单孢子虫的感染,没有检测到马尔太虫和闭合孢子虫。不同地区这几种原虫的感染率存在较大差异,福建地区派琴虫的感染率均较高,厦门高达47.83%;三亚和海口包拉米虫的感染率均在66.7%以上;广东和海南尼氏单孢子虫和沿岸单孢子虫的感染率均超过了平均感染率28.05%、38.29%。经种类鉴定发现此次检测到的包拉米虫为牡蛎包拉米虫,绝大部分派琴虫为奥尔森派琴虫,仅2株为北海派琴虫。3、建立了能扩增派琴虫ITS全序列的PCR方法,并对从抽样地区检测到的派琴虫ITS序列进行扩增、克隆和测序,进行序列多重比对及同源性分析。结果发现:奥尔森和北海派琴虫ITS序列全长分别为713bp和738bp,5.8S序列高度保守,种内和种间的碱基差异主要表现在ITS-1和ITS-2区域。同源性分析表明:东南沿海八个地区奥尔森派琴虫ITS序列的同源性在100%~99.3%之间,两株北海派琴虫的同源性为97.9%。4、以奥尔森派琴虫和尼氏单孢子虫的保守序列设计特异性引物,包拉米虫采用OIE推荐引物,建立了快速检测这三种原虫的多重PCR检测方法,该方法最低可以检测到10pg的重组质粒模板,且不受其他原虫,细菌和贝类组织的干扰。临床检验结果也表明该方法的检测结果与OIE推荐的PCR检测方法结果一致,而且更加高效、快速。目前关于贝类原虫在我国流行情况的资料还很少,尤其是包拉米虫、尼氏单孢子虫、沿岸单孢子虫、马尔太虫和闭合孢子虫,而本次对我国东南沿海养殖牡蛎感染情况的调查和种类鉴定弥补了这方面的空白;建立了多重PCR同时检测奥尔森派琴虫、包拉米虫和尼氏单孢子虫的方法;通过建立的派琴虫ITS完整基因序列的PCR扩增方法,首次测得了北海派琴虫ITS完整序列;填补了相应领域的空白,是本研究中较为新颖和有特色的地方,为贝类原虫的进一步研究奠定了基础。
摘要 | 第10-12页 |
Abstract | 第12-13页 |
第一章 综述 | 第14-27页 |
1 贝类常见原虫病的概述 | 第14-21页 |
1.1 派琴虫 | 第14-17页 |
1.1.1 派琴虫的种类及分布 | 第14页 |
1.1.2 派琴虫的分类学地位 | 第14-15页 |
1.1.3 派琴虫的生活史和传播途径 | 第15页 |
1.1.4 派琴虫的流行病学 | 第15-16页 |
1.1.5 派琴虫的危害 | 第16页 |
1.1.6 派琴虫的防治 | 第16-17页 |
1.2 包拉米虫 | 第17-18页 |
1.2.1 包拉米虫的种类及分布 | 第17页 |
1.2.2 包拉米虫的分类学地位及传播方式 | 第17页 |
1.2.3 包拉米虫的流行病学 | 第17-18页 |
1.2.4 包拉米虫的危害 | 第18页 |
1.2.5 包拉米虫的防治 | 第18页 |
1.3 单孢子虫 | 第18-19页 |
1.3.1 单孢子虫的分类学地位 | 第18-19页 |
1.3.2 单孢子虫的流行病学 | 第19页 |
1.3.3 单孢子虫的危害及防治 | 第19页 |
1.4 马尔太虫 | 第19-20页 |
1.4.1 马尔太虫的种类及分类地位 | 第19-20页 |
1.4.2 马尔太虫的形态及生活史 | 第20页 |
1.4.3 马尔太虫的流行病学及危害 | 第20页 |
1.5 马氏闭合孢子虫 | 第20-21页 |
2 常见贝类原虫检测方法的研究进展 | 第21-25页 |
2.1 形态学检测方法 | 第21-22页 |
2.1.1 组织印记法 | 第21页 |
2.1.2 组织病理切片技术 | 第21页 |
2.1.3 电镜技术 | 第21-22页 |
2.2 免疫学检测方法 | 第22页 |
2.3 分子生物学检测方法 | 第22-24页 |
2.3.1 PCR 检测方法 | 第22-23页 |
2.3.2 原位杂交检测技术 | 第23页 |
2.3.3 实时荧光定量 PCR 技术 | 第23-24页 |
2.4 派琴虫体外培养方法的研究 | 第24-25页 |
2.4.1 液体巯基乙酸盐培养法(RFTM) | 第24页 |
2.4.2 派琴虫其它体外培养方法 | 第24-25页 |
3 派琴虫种类变异研究进展 | 第25-27页 |
第二章 牡蛎派琴虫的培养和形态学观察 | 第27-34页 |
1 材料与方法 | 第27-29页 |
1.1 材料 | 第27-28页 |
1.1.1 材料来源 | 第27页 |
1.1.2 主要试剂 | 第27页 |
1.1.3 主要设备与耗材 | 第27页 |
1.1.4 试剂的配制 | 第27-28页 |
1.2 试验方法 | 第28-29页 |
1.2.1 牡蛎样品石蜡切片的制备 | 第28页 |
1.2.2 派琴虫休眠孢子的培养 | 第28-29页 |
1.2.3 派琴虫休眠孢子染色镜检 | 第29页 |
1.2.4 派琴虫休眠孢子分裂方式的观察 | 第29页 |
2 结果与分析 | 第29-32页 |
2.1 派琴虫滋养体的观察 | 第29页 |
2.2 派琴虫休眠孢子的培养结果 | 第29-32页 |
2.3 派琴虫休眠孢子分裂方式的观察结果 | 第32页 |
3 讨论 | 第32-34页 |
第三章 PCR 检测贝类常见原虫方法的建立与我国东南沿海贝类常见原虫的调查 | 第34-46页 |
1 材料与方法 | 第34-38页 |
1.1 材料 | 第34-35页 |
1.1.1 材料来源 | 第34页 |
1.1.2 主要试剂 | 第34-35页 |
1.1.3 试剂配制 | 第35页 |
1.1.4 主要设备 | 第35页 |
1.2 试验方法 | 第35-38页 |
1.2.1 样品总 DNA 提取 | 第35页 |
1.2.2 六种贝类常见原虫病 PCR 检测方法的建立 | 第35-37页 |
1.2.3 派琴虫和包拉米虫种类鉴定方法的建立 | 第37-38页 |
1.3 我国东南沿海几种常见贝类原虫的抽样调查与种类鉴定 | 第38页 |
2 结果 | 第38-44页 |
2.1 六种贝类原虫 PCR 检测结果 | 第38-39页 |
2.2 PCR 扩增阳性产物测序结果 | 第39-41页 |
2.3 我国东南沿海六种常见贝类原虫的抽样调查结果 | 第41-42页 |
2.4 派琴虫和包拉米虫种类鉴定结果 | 第42-44页 |
2.4.1 派琴虫种类鉴定结果 | 第42-43页 |
2.4.2 包拉米虫种类鉴定结果 | 第43-44页 |
3 讨论 | 第44-46页 |
第四章 奥尔森派琴虫和北海派琴虫 ITS 基因序列分析及同源性分析 | 第46-56页 |
1 材料与方法 | 第46-48页 |
1.1 材料 | 第46-47页 |
1.1.1 材料来源 | 第46页 |
1.1.2 主要试剂与耗材 | 第46页 |
1.1.3 试剂配制 | 第46-47页 |
1.1.4 主要设备 | 第47页 |
1.2 试验方法 | 第47-48页 |
1.2.1 样品总 DNA 提取 | 第47页 |
1.2.2 ITS 序列 PCR 扩增引物的设计与合成 | 第47页 |
1.2.3 PCR 扩增体系及反应条件的优化 | 第47页 |
1.2.4 琼脂糖凝胶电泳分析 | 第47-48页 |
1.2.5 目的片段的回收、克隆和质粒提取 | 第48页 |
1.2.6 奥尔森派琴虫和北海派琴虫 ITS 序列及同源性分析 | 第48页 |
2 结果 | 第48-50页 |
2.1 ITS 序列 PCR 反应条件优化及扩增结果 | 第48-49页 |
2.2 重组质粒测序结果 | 第49页 |
2.3 奥尔森派琴虫 ITS 序列分析与同源性分析 | 第49页 |
2.4 北海派琴虫 ITS 序列分析与同源性分析 | 第49-50页 |
3 讨论 | 第50-56页 |
第五章 多重 PCR 同时检测包拉米虫、奥尔森派琴虫和尼氏单孢子虫方法的建立和应用 | 第56-63页 |
1 材料和方法 | 第56-58页 |
1.1 实验材料 | 第56页 |
1.1.1 实验材料来源 | 第56页 |
1.1.2 试剂 | 第56页 |
1.1.3 实验设备 | 第56页 |
1.2 方法 | 第56-58页 |
1.2.1 样品总 DNA 的提取 | 第56页 |
1.2.2 多重 PCR 引物的设计与合成 | 第56-57页 |
1.2.3 PCR 扩增体系及反应条件的优化 | 第57-58页 |
1.2.4 PCR 扩增产物电泳分析及克隆测序 | 第58页 |
1.2.5 特异性试验 | 第58页 |
1.2.6 敏感性试验 | 第58页 |
1.2.7 临床样本的检测 | 第58页 |
2 结果 | 第58-62页 |
2.1 多重 PCR 反应条件优化结果 | 第58-59页 |
2.2 特异性试验结果 | 第59-60页 |
2.3 敏感性实验结果 | 第60页 |
2.4 测序结果与序列比对 | 第60-61页 |
2.5 临床样品的检测结果 | 第61-62页 |
3 讨论 | 第62-63页 |
全文总结 | 第63-64页 |
参考文献 | 第64-71页 |
附录 | 第71-75页 |
致谢 | 第75页 |
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