肺癌CIRCRNA生物信息学分析与数据库开发
circRNA论文 肺癌论文 数据库论文 RNA-seq论文
论文详情
摘要 | 第6-8页 |
Abstract | 第8-9页 |
缩略词表 | 第10-11页 |
1 前言 | 第11-34页 |
1.1 circRNA简介 | 第11-27页 |
1.1.1 circRNA的研究历程 | 第12页 |
1.1.2 circRNA的特征 | 第12-14页 |
1.1.3 circRNA的分类 | 第14-15页 |
1.1.4 circRNA的形成机制 | 第15-18页 |
1.1.5 circRNA的生物学功能 | 第18-20页 |
1.1.6 circRNA与人类疾病 | 第20-21页 |
1.1.7 circRNA相关数据库 | 第21-23页 |
1.1.8 circRNA鉴别软件 | 第23-27页 |
1.2 癌症简介 | 第27-32页 |
1.2.1 肺癌的发病诱因 | 第28-29页 |
1.2.2 肺癌的类型 | 第29页 |
1.2.3 癌症与circRNA | 第29-32页 |
1.2.4 癌症相关数据库 | 第32页 |
1.3 研究目的与意义 | 第32-34页 |
2 材料与方法 | 第34-42页 |
2.1 相关数据 | 第34-38页 |
2.1.1 RNA-seq数据 | 第34-35页 |
2.1.2 基因组及相关注释信息 | 第35-36页 |
2.1.3 相关软件及下载链接 | 第36-38页 |
2.2 数据分析流程 | 第38-42页 |
2.2.1 原始数据预处理 | 第38页 |
2.2.2 circRNA鉴别 | 第38-40页 |
2.2.3 数据的统计分析 | 第40页 |
2.2.4 GO与KEGG富集分析 | 第40-41页 |
2.2.5 检索现有的数据库 | 第41页 |
2.2.6 数据库以及网站的构建 | 第41-42页 |
3 结果与分析 | 第42-60页 |
3.1 circRNA分析结果 | 第42-44页 |
3.1.1 circRNA鉴别结果 | 第42-44页 |
3.1.2 circRNA与数据库重叠情况 | 第44页 |
3.2 hostgene注释 | 第44-52页 |
3.2.1 相关hostgene的GO分析 | 第46-47页 |
3.2.2 相关hostgene的KEGG通路富集分析 | 第47-49页 |
3.2.3 肺癌相关的hostgene | 第49-50页 |
3.2.4 circRNA-miRNA互作网络 | 第50-52页 |
3.3 circRNA结构特征 | 第52-57页 |
3.3.1 circRNA的染色体分布 | 第52-53页 |
3.3.2 circRNA基因组长度分析 | 第53页 |
3.3.3 circRNA―热点‖分析 | 第53-57页 |
3.4 肺癌circRNA数据库开发 | 第57-60页 |
3.4.1 整体设计思路 | 第57页 |
3.4.2 数据库构建 | 第57-58页 |
3.4.3 网页设计 | 第58-60页 |
4 总结与讨论 | 第60-62页 |
5 展望 | 第62-64页 |
参考文献 | 第64-78页 |
附录 | 第78-84页 |
致谢 | 第84页 |
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