栉孔扇贝、海湾扇贝热休克蛋白22基因的克隆和表达及其与栉孔扇贝抗热性状相关SNP位点的筛查

栉孔扇贝论文 海湾扇贝论文 热休克蛋白22论文 重金属论文 鳗弧菌论文 高温应激论文 实时定量PCR
论文详情
贝类养殖是我国传统的海水养殖产业,在海水养殖中占重要地位。但从上世纪90年代以来,养殖贝类陆续开始出现大规模死亡现象,经济损失惨重。养殖贝类的大规模流行性死亡是外界病原、环境变化和扇贝生物本身等多方面因素相互作用的结果。目前围绕病原分离鉴定、改善养殖环境和优化养殖技术及培育优良品种的方面已经开展大量的研究工作,收到了一定的成效。本研究采取大规模EST测序方法,结合cDNA末端快速扩增技术,从栉孔扇贝和海湾扇贝cDNA文库中分离、克隆了热休克蛋白22基因,并采用实时定量PCR技术检测了HSP22基因的表达特征,并以克隆获得的栉孔扇贝HSP22基因为候选基因,研究了其多态性与栉孔扇贝高温抗性的关系。具体结果如下:海湾扇贝热休克蛋白22基因(AiHSP22)的cDNA全长为1112 bp,包含5’非翻译区(UTR)51 bp,588 bp的开放阅读框(ORF),473 bp的3’UTR,最后为22个腺嘌呤的Poly A尾巴。开放阅读框编码195个氨基酸的多肽,该多肽的估计分子量为22.71kD,估计的等电点为8.44。经BLAST比对,AiHSP22与其他物种的HSP22蛋白有较高的相似性。SMART(Simple Modular Architecture Research Tool)软件分析,AiHSP22包含典型的小热休克蛋白家族的特征结构:α-晶体球蛋白结构域。利用Real-time RT-PCR发现AiHSP22 mRNA在海湾扇贝体内普遍存在于血细胞、肌肉、肾脏、性腺、鳃和心组织中,其中在心和肌肉的表达量最高,血细胞中表达量最低。同样用实时定量PCR检测海湾扇贝HSP22基因对铜、铅和镉三种重金属刺激的响应,发现AiHSP22 mRNA的表达量并未随着三种重金属浓度的提高而呈线性增加,且AiHSP22对镉刺激的敏感性要远低于铜和铅。研究结果为进一步开发海湾扇贝HSP22作为一种监测水体重金属污染的生物标记物提供了借鉴。栉孔扇贝热休克蛋白22基因(CfHSP22)的cDNA全长为1279 bp,包含5’UTR 122 bp,576 bp的开放阅读框,3’UTR 581 bp,最后是32个腺嘌呤的poly A尾巴。CfHSP22的开放阅读框编码191个氨基酸的多肽,该多肽的估计分子量为22.1kD,估计的等电点为9.69,经BLAST比对,CfHSP22与AiHSP22的相似性达79%,与其他物种的HSP22也有较高相似性。SMART软件分析,CfHSP22也包含典型的小热休克蛋白家族的特征结构:α-晶体球蛋白结构域。利用Real-time RT-PCR,发现CfHSP22在各组织普遍存在,在肝胰腺中的表达最高,在血细胞中表达量最低。在鳗弧菌刺激下,栉孔扇贝血细胞中HSP22 mRNA的表达量显著升高,表达量随时间的延长而增加,刺激后12小时达到最高值,随后逐渐下降。结果表明栉孔扇贝的热休克蛋白22基因在机体抵抗外界微生物刺激中起到了重要的作用。根据30℃高温刺激下栉孔扇贝的死亡情况筛选出了抗热和热敏感的扇贝群,通过不同扇贝CfHSP22基因的多态性分析,在其编码区发现一个非同义突变的SNP位点:+94 C/ A颠换。采用Bi-PASA PCR分析方法发现该位点出现三种基因型:野生型CC,杂合性CA和突变型CA,三种基因型与栉孔扇贝抗热性状相关的统计分析结果显示,+94AA基因型和+94CA基因型在抗热群体中的频率显著高于敏感群体(P<0.05),表明两种基因型可能与栉孔扇贝对高温的抗性相关。为验证这一相关性,高温刺激具有+94AA基因型、+94CA基因型和+94CC基因型的扇贝个体后进行死亡率分析,结果显示,具有+94AA基因型的扇贝死亡率极显著低于+94CC基因型的扇贝(P<0.01),具有+94CA基因型的扇贝死亡率显著低于+94CC基因型的扇贝(P<0.05)。研究结果进一步证实热休克蛋白22基因+94 C/ A颠换多态性与栉孔扇贝对高温的敏感性/抗性相关,为+94 C/ A颠换作为一个潜在的分子标记应用于栉孔扇贝抗热性状的选择育种奠定了理论基础。
摘要第8-10页
Abstract第10-12页
第一前言第13-28页
    第一节 我国扇贝养殖现状及大规模死亡的原因第13-16页
        1. 我国扇贝养殖现状第13页
        2. 影响扇贝大规模死亡的因素第13-16页
            2.1 环境污染第14页
            2.2 病原微生物第14-15页
            2.3 扇贝生物本身的抗逆能力第15-16页
    第二节 热休克蛋白22第16-24页
        1. 热休克蛋白的发现及分类第17-18页
        2.H SP22 的结构特征和组织分布第18页
        3.H SP22 基因结构和表达调控第18-19页
        4.H SP22 的生物学功能第19-22页
            4.1 分子伴侣作用第20页
            4.2 调节细胞凋亡第20页
            4.3 HSP22 与衰老第20-21页
            4.4 HSP22 与生物耐热第21页
            4.5 抗氧化作用第21-22页
        5 HSP22的研究现状第22-24页
            5.1 HSP22 与肿瘤第22页
            5.2 HSP22 与腓骨肌萎缩症第22-23页
            5.3 HSP22 与心肌缺血再灌注损伤第23页
            5.4 HSP22 在海洋生物学方面的研究第23-24页
    第三节 单核苷酸多态性第24-27页
        1. 单核苷酸多态性的概念第24页
        2. 单核苷酸多态性的检测方法第24-26页
        3. 单核苷酸多态性的应用第26-27页
    第四节 本研究的目的和意义第27-28页
        1. 本研究的目的第27页
        2. 本研究的意义第27-28页
第二章 材料与方法第28-42页
    第一节 材料第28-31页
        1. 主要化学试剂与仪器设备第28页
            1.1 主要化学试剂第28页
            1.2 主要仪器设备第28页
        2. 试剂和培养基的配置第28-31页
            2.1 DNA 提取试剂及其配置方法第29页
            2.2 培养基及抗生素配置方法第29-30页
            2.3 其它主要试剂配置方法第30-31页
    第二节 方法第31-42页
        1. 应激实验样品及样品处理第31-32页
            1.1 重金属和细菌应激实验第31页
            1.2 高温刺激实验第31-32页
        2. 扇贝基因组 DNA 提取第32页
        3. 扇贝总 RNA 提取第32-33页
            3.1 实验用品的预处理第32页
            3.2 扇贝总 RNA 的提取第32-33页
            3.3 DNase I 消化第33页
        4.c DNA 文库的构建及序列分析第33-34页
            4.1 cDNA 文库的构建第33-34页
            4.2 序列分析与目的基因片段的获得第34页
        5.全长cDNA序列的获得第34-36页
            5.1 扇贝cDNA 模板第一链的合成第34页
            5.2 PCR 反应体系与反应条件第34-35页
            5.3 3' RACE 扩增第35页
            5.4 5' RACE 扩增第35-36页
        6. 琼脂糖凝胶纯化 PCR 产物第36-37页
        7. 感受态细胞的制备、连接及转化第37-38页
            7.1 感受态细胞的制备第37页
            7.2 连接反应第37页
            7.3 转化第37-38页
        8. 目的基因的生物信息学分析第38页
        9. 荧光实时定量 PCR 检测目的基因的表达第38-42页
            9.1 荧光实时定量 PCR 的原理第38-40页
            9.2 荧光实时定量 PCR 的引物设计第40-41页
            9.3 荧光实时定量 PCR 检测目的基因的表达第41-42页
第三章 结果与讨论第42-76页
    第一节 海湾扇贝热休克蛋白22 基因的克隆与表达分析第42-51页
        1. 海湾扇贝热休克蛋白22 基因cDNA 全长的克隆第42-43页
            1.1 海湾扇贝热休克蛋白22 基因3’末端的克隆第42页
            1.2 海湾扇贝热休克蛋白22 基因5’末端的克隆第42-43页
        2. 海湾扇贝热休克蛋白22 基因的序列分析第43-45页
        3. 海湾扇贝热休克蛋白22 基因的同源性分析第45-47页
        4. 海湾扇贝热休克蛋白22 基因的进化分析第47页
        5. 海湾扇贝热休克蛋白22 基因在扇贝组织中的分布第47-49页
        6. 海湾扇贝热休克蛋白22 基因在重金属刺激下的表达规律研究第49-51页
    第二节 栉孔扇贝热休克蛋白22 基因的克隆与表达分析第51-60页
        1. 栉孔扇贝热休克蛋白22 基因cDNA 全长的克隆第51-52页
            1.1 栉孔扇贝热休克蛋白22 基因3’末端的克隆第51页
            1.2 栉孔扇贝热休克蛋白 22 基因 5’末端的克隆第51-52页
        2. 栉孔扇贝热休克蛋白22 基因的序列分析第52-54页
        3. 栉孔扇贝热休克蛋白22 基因的同源性分析第54-56页
        4. 栉孔扇贝热休克蛋白 22 的进化分析第56-57页
        5. 栉孔扇贝热休克蛋白22 基因在扇贝组织中的分布第57-59页
        6. 栉孔扇贝热休克蛋白22 基因在鳗弧菌刺激下的表达规律研究第59-60页
    第三节 栉孔扇贝 HSP22 基因的多态性分析第60-64页
        1. 栉孔扇贝 HSP22 基因潜在 SNP 位点的电子筛查第60-61页
        2. 栉孔扇贝 HSP22 基因有潜在 SNP 位点的序列的克隆第61-62页
        3. 序列比较与多态性分析第62-64页
    第四节 栉孔扇贝热休克蛋白22 基因的 SNP 位点+94 C/ A 与扇贝抗热性的关系第64-69页
        1. 热敏感群体和抗热群体的划分及取样第64-65页
        2. 采用 Bi-PASA PCR 技术对热休克蛋白22 基因+94 位点多态性进行检测第65-67页
            2.1 引物设计第65页
            2.2 PCR 扩增及电泳第65-66页
            2.3 栉孔扇贝热休克蛋白22 基因+94 位点多态性的检测结果第66-67页
        3.C fHSP22 基因+94 位点多态性与扇贝抗热性状的关系分析第67-68页
            3.1 统计基因位点的基因频率及基因型频率第67-68页
            3.2 对多态性位点的 Hardy-Weinberg 平衡性及与栉孔扇贝抗热性性状的关联性进行分析第68页
            3.3 CfHSP22 基因+94 位点多态性与扇贝抗热性状的关系分析结果第68页
        4. +94 位点不同基因型扇贝的死亡率比较第68-69页
    第五节 讨论第69-76页
        1. 海湾扇贝 HSP22 基因的克隆及其在重金属刺激下的表达研究第70-72页
        2. 栉孔扇贝 HSP22 基因的克隆及其在鳗弧菌刺激下的表达研究第72-74页
        3. 栉孔扇贝 HSP22 基因与抗热性状相关的 SNP 位点的筛查与验证第74-76页
第四章 结论第76-78页
参考文献第78-87页
个人简历第87页
发表的学术论文第87-88页
致谢第88页
论文购买
论文编号ABS1075578,这篇论文共88页
会员购买按0.30元/页下载,共需支付26.4
不是会员,注册会员
会员更优惠充值送钱
直接购买按0.5元/页下载,共需要支付44
只需这篇论文,无需注册!
直接网上支付,方便快捷!
相关论文

点击收藏 | 在线购卡 | 站内搜索 | 网站地图
版权所有 艾博士论文 Copyright(C) All Rights Reserved
版权申明:本文摘要目录由会员***投稿,艾博士论文编辑,如作者需要删除论文目录请通过QQ告知我们,承诺24小时内删除。
联系方式: QQ:277865656