两种虹彩病毒模拟表位的生物信息学筛选与生物淘筛及原核表达载体的构建
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虹彩病毒(Iridovirus)是近年来在多种海洋鱼类和两栖类动物中发现的、传染性较强的病毒之一。由虹彩病毒诱发的鱼类疾病引起的鱼类死亡率可达30%~100%,且疾病暴发频率呈逐年增加的趋势,危害极大。对于水产病害的防御,疫苗是一种国际认可的病害防御方法,具有安全、长效、环境友好等特点。其中,DNA疫苗具有其独特的优势,是预防病毒性疾病的首选。在DNA疫苗开发研制中,如何研究和设计出具有更精确有效的免疫原性、反应原性和安全性的疫苗是研究人员所关注和追求的,而诱生机体产生特异性免疫应答的保护性抗原表位基因的分离、鉴定则是DNA疫苗研发的关键。本研究运用反向疫苗学的分析方法,对大菱鲆病毒性红体病虹彩病毒(TRBIV)全基因组序列进行了核酸序列的同源性分析和表达蛋白的功能分析,筛选获得了具有较强免疫原性的MCP216AA和424AA模拟抗原,PCR方法扩增得到含以上两段模拟表的TRBIV MCP654bp候选基因片段。运用经典分子生物学方法将扩增得到的TRBIV MCP654bp基因片段插入到原核表达载体pET-21a中,并在大肠杆菌BL21中通过IPTG的诱导成功表达。通过噬菌体展示肽库对淋巴囊肿病毒(LCDV)抗原表位进行了生物淘筛,对所获阳性克隆模拟表位进行了序列、系统关系结构及化学性质等分析,基本推断生物淘筛所获得的模拟表位是针对LCDV的相应肽段,且这些模拟表位的一个突出特征是含有大量的亲水性氨基酸。其中融合肽段RQAPELMLSTTS、ARHRPKLPYTHT与靶分子亲和力很高,产生了较高的丰度。另外,对应于LCDV囊膜糖蛋白、MCP、TNFR等蛋白的模拟表位具有较好的应用前景,LCDV基因组中的ORF119、234、075等也具有重要的免疫研究价值。
摘要 | 第4-5页 |
Abstract | 第5-6页 |
第一章 前言 | 第9-24页 |
1.1 虹彩病毒研究概况 | 第9-12页 |
1.1.1 虹彩病毒的简介 | 第9页 |
1.1.2 虹彩病毒的分类及基因组测序概况 | 第9-10页 |
1.1.3 淋巴囊肿病毒(LCDV) | 第10-11页 |
1.1.4 大菱鲆红体病虹彩病毒(TRBIV) | 第11-12页 |
1.2 鱼类疫苗的研究 | 第12-17页 |
1.2.1 灭活疫苗与活疫苗 | 第13-14页 |
1.2.2 亚单位疫苗 | 第14-15页 |
1.2.3 合成肽疫苗 | 第15-16页 |
1.2.4 DNA 疫苗 | 第16-17页 |
1.3 反向疫苗学研究进展 | 第17-21页 |
1.3.1 反向疫苗学分析方法 | 第17-18页 |
1.3.2 生物信息学分析 | 第18页 |
1.3.3 目的蛋白的高通量表达 | 第18-19页 |
1.3.4 表达目的蛋白的检测 | 第19页 |
1.3.5 反向疫苗学的应用 | 第19-21页 |
1.4. 噬菌体随机肽库技术及在模拟表位的筛选中的应用 | 第21-23页 |
1.4.1 噬菌体肽库的筛选 | 第21-22页 |
1.4.2 噬菌体肽库技术在模拟表位的筛选中的应用 | 第22-23页 |
1.5 本论文研究的目的和意义 | 第23-24页 |
第二章 TRBIV 抗原模拟表位的筛选及原核表达载体的构建 | 第24-43页 |
2.1 引言 | 第24-25页 |
2.2 材料和方法 | 第25-35页 |
2.2.1 材料 | 第25-28页 |
2.2.2 实验方法 | 第28-35页 |
2.3 实验结果 | 第35-40页 |
2.3.1 TRBIV 的抗原蛋白的区域性结构分析 | 第35-37页 |
2.3.2 综合性模拟表位分析 | 第37页 |
2.3.3 含有抗原表位 TRBIV MCP 片段的扩增及序列分析 | 第37页 |
2.3.4 pET-21a-TRBIV-MCP0.65kb 的构建及鉴定 | 第37-39页 |
2.3.5 目的蛋白在大肠杆菌 BL21 中的诱导表达及 SDS-PAGE 鉴定 | 第39页 |
2.3.6 目的蛋白的 Western blot 鉴定 | 第39-40页 |
2.4 讨论 | 第40-43页 |
第三章 LCDV 模拟表位的生物淘筛 | 第43-64页 |
3.1 引言 | 第43页 |
3.2 材料及方法 | 第43-51页 |
3.2.1 材料 | 第43-44页 |
3.2.2 实验方法 | 第44-51页 |
3.3 实验结果 | 第51-60页 |
3.3.1 抗体效价测定 | 第51-53页 |
3.3.2 亲和淘选对噬菌体的富集 | 第53页 |
3.3.3 噬菌体 DNA 的电泳分析 | 第53-54页 |
3.3.4 ssDNA 的测序及序列分析 | 第54-55页 |
3.3.5 生物淘筛模拟表位的结构特征 | 第55-60页 |
3.4 讨论 | 第60-64页 |
全文总结 | 第64-65页 |
参考文献 | 第65-72页 |
硕士期间发表论文 | 第72-73页 |
致谢 | 第73页 |
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