乌梁素海底泥厌氧不产氧光合细菌的富集培养后细菌多样性&一株盐碱湖细菌的分离、培养及分类鉴定

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厌氧不产氧光合细菌(Anaerobic anoxygenic phototrophic bacteria ,AnAnPB)在水生生态系统物质和能量循环中具有重要作用和意义。本文通过对乌梁素海富底泥AnAnPB进行了富集培养,并构建和分析了基于16s rDNA、pufLM、bchY的基因文库,以期揭示富集培养后乌梁素海菌群结构变化和AnAnPB富集情况。研究结果表明,在16S rDNA基因文库中,利用Hae III对16s rDNA基因97个克隆子进行单酶切产生了20种条带,文库覆盖率达77%;在pufLM文库中,pufLM覆盖率为79%,有19种类型;在bchY文库中,bchY覆盖率为85%,有12种类型。富集后细菌丰富度高,三个文库主要类群有蛋白菌门(Proteobacteria)( 16S rDNA、pufLM和bchY文库中分别占81.4%、69.5%和90%),蓝藻门(Cyanophyta)( 16S rDNA和pufLM文库中分别占1.0%和26.1%),硬壁菌门(Firmacutes)( 16S rDNA和pufLM文库中分别占2%和2.1%) ,拟杆菌门(Bacteroidetes)( 16S rDNA文库中占2%) ,酸杆菌门(Acidobacteria)( 16S rDNA文库中占2%),绿菌门(Chlorobium)( bchY文库中占2.5%),pufLM文库中存在古菌甲烷八叠球菌科(Methanomicrobia)(2.2%)。从内蒙古浑善达克盐湖分离到一株MIM18~T,基于16S rDNA鉴定,与Belliella和Cyclobacterium属中的Nitritalea的相似性分别为92.3%和88%,鉴定为新属,新种命名为Mongoliitalea lutea gen. nov., sp. nov.。此菌株为好氧、耐盐、杆状、桔红色、无运动性、革兰氏阴性菌。MIM18~TG+C含量为39.8 %,最适NaCl浓度为1%,最适生长温度为28-37℃。主要的脂肪酸为iso-C15:0 (28.1%), iso-C17:0 3-OH (14.6%),C15:1ω6c (5.3%,C14:0 2-OH和iso-C15:0 2-OH (5.4%), iso-C17:1ω9c或者C16:0 10-methyl (5%),呼吸醌主要有MK-7,极性脂主要有PC、PG和PE。本研究为认识内蒙古地区水生生态系统微生物多样性,以及特殊类群微生物生态功能积累了数据,并为相关微生物应用于生态系统的保护奠定了一定的基础。
摘要第3-4页
Abstract第4页
1 乌梁素海底泥厌氧不产氧光合细菌的富集培养后细菌多样性分析第9-42页
    1.1 前言第9-19页
        1.1.1 厌氧不产氧光合细菌第9-11页
        1.1.2 乌梁素海现状第11-13页
        1.1.3 微生物富集培养第13-14页
        1.1.4 生物多样性第14-19页
        1.1.5 本研究内容、目的和意义第19页
    1.2 材料与方法第19-28页
        1.2.1 样品采集和富集培养第19-20页
        1.2.2 试验材料第20-23页
        1.2.3 总DNA 的提取第23页
        1.2.4 PCR 反应体系和条件第23-25页
        1.2.5 16S rDNA、pufLM、bchY 的 PCR 产物回收第25-26页
        1.2.6 产物的连接反应第26页
        1.2.7 感受态细胞的制备第26页
        1.2.8 连接产物的转化第26页
        1.2.9 阳性克隆子鉴定第26-27页
        1.2.10 PCR-RFLP 分析第27页
        1.2.11 测序与系统发育分析第27-28页
        1.2.12 多样性分析第28页
    1.3 结果与分析第28-36页
        1.3.1 富集培养第28-29页
        1.3.2 总DNA 的提取第29页
        1.3.3 16S rDNA、pufLM、bchY PCR 扩增第29-30页
        1.3.4 克隆文库的建立与分析第30-32页
        1.3.5 多样性指数分析第32-33页
        1.3.6 系统发育多样性分析第33-36页
    1.4 讨论第36-38页
        1.4.1 富集培养总细菌和AnAnPB 多样性指数第36页
        1.4.2 富集培养总细菌和AnAnPB 群落组成第36-38页
    1.5 结论第38-42页
2 一株盐碱湖细菌的分离培养及分类鉴定研究第42-72页
    2.1 前言第42-47页
        2.1.1 盐碱湖环境第42页
        2.1.2 盐碱湖中的细菌类群第42-44页
        2.1.3 微生物系统学第44-47页
    2.2 材料与方法第47-59页
        2.2.1 样品的采集第47页
        2.2.2 菌株的培养第47-48页
        2.2.3 表型分类特征第48-53页
        2.2.4 化学分类特征第53-55页
        2.2.5 基因型特征第55-59页
    2.3 结果与分析第59-70页
        2.3.1 样品采集第59页
        2.3.2 MIM18~T菌株的分离第59页
        2.3.3 MIM18~T表型特征第59-65页
        2.3.4 MIM18~T化学分类特征第65-68页
        2.3.5 MIM18~T基因型特征第68-70页
    2.4 结论与讨论第70-72页
致谢第72-73页
参考文献第73-79页
作者简介第79页
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