荧光定量PCR检测猪肉中单核细胞增生性李斯特氏菌的研究

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单核细胞增生性李斯特氏菌(Listeria monocytogenes)简称单增李斯特,它是一种能够引起人畜共患的食源性致病菌,属李斯特菌属。它在自然界中分布广泛,如土壤、腐败的蔬菜及多种食品中。食用了被单增李斯特污染的食物后可以引起“李氏杆菌病”,使人和动物患脑膜炎、败血症、流产等,死亡率可达20%~30%。传统的检测单增李斯特的方法操作繁琐、检测时间较长,通常需要5~7 d才能完成且灵敏度较低。因此需要建立快速、灵敏的单增李斯特的检验方法。荧光定量PCR技术已经成为针对食源性致病菌的一种常规的分子检测方法,广泛应用于食品检测中,灵敏度好检出率高,由于该技术不仅实现了PCR从定性到定量的飞跃,而且与常规PCR相比,它具有特异性更强、自动化程度高等特点,目前已得到广泛应用。本试验利用荧光定量与锁定寡核苷酸相结合的方法快速检测单核增生性李斯特氏菌。试验中我们选取hlyA基因作为靶基因,但针对这个基因我们发现其片段的GC含量非常低,通常在40%以下,这就造成不能设计出合适的引物和探针,从而造成信号收集效果差,试验灵敏度低,影响检出率。为了克服这个问题,我们采取荧光定量PCR检测手段和锁定寡核苷酸(LNA)相结合的方法进行检测。锁定核苷酸是双核酸结构,在试验中可以增强寡核苷酸的亲和力和检测的特异性,并且加强寡核苷酸链的稳定性和碱基堆积力,从而提高试验的准确性和灵敏度。本研究利用专业软件设计出合适的特异性引物和探针,经过普通PCR扩增后,获得119 bp产物并将PCR产物进行2 %的琼脂糖凝胶电泳,产物胶回收纯化后连接到pUC119载体上,并转化至大肠杆菌JM109感受态细胞中,对阳性克隆进行了筛选鉴定,构建了目的重组质粒,作为标准品绘制标准曲线。并对插入的外源基因进行了测序,与文献报道的序列相似性达到100%,从而证实PCR扩增产物确为目的扩增产物。构建的重组质粒可以得到较好的扩增曲线和Ct值。试验中对比三种从猪肉中提取单增李斯特的方法,确定优选,还利用普通PCR确定引物特异性良好。对PCR反应体系中退火温度、引物探针配比等进行了优化,以确定适宜PCR反应体系和PCR扩增程序。适宜反应体系为:12.5μL Premix Ex Taq (2×),上、下游引物(各10μM)各0.5μL,1μL目的探针(3μM),2μL模板,8.5μL灭菌双蒸水,总反应体系25μL;适宜扩增程序为:95℃预变性10 S,再按94℃5 S-60℃30 S进行45个循环。本方法纯菌培养物检测灵敏度可以达到30 copies/μL,1.2×10 cfu/mL;人工污染猪肉检出限可以达到48 copies/μL,3.2×102 cfu/ mL,并且使检测可以在1个工作日内完成,大大缩短了检测时间。
摘要第4-5页
Abstract第5-6页
1 引言第10-24页
    1.1 立题背景及意义第10-11页
    1.2 单增李斯特简介第11-14页
        1.2.1 单增李斯特的生物学特征第11-12页
        1.2.2 单增李斯特分类第12页
        1.2.3 单增李斯特血清型分类第12页
        1.2.4 单增李斯特的致病因子第12-14页
        1.2.5 单增李斯特流行病学第14页
    1.3 单增李斯特研究现状第14-16页
        1.3.1 传统鉴定方法第14页
        1.3.2 免疫学检测方法第14-15页
        1.3.3 分子生物学检测方法第15页
        1.3.4 环介导等温扩增(LAMP)技术第15-16页
    1.4 实时荧光定量PCR 检测技术第16-19页
        1.4.1 实时荧光定量PCR 技术的基本原理第16-18页
        1.4.2 实时荧光定量PCR 技术的介绍第18页
        1.4.3 实时荧光定量PCR 技术的特点第18-19页
        1.4.4 实时荧光定量PCR 技术的应用第19页
    1.5 LNA 的介绍第19-22页
        1.5.1 LNA 的概念第19-20页
        1.5.2 LNA 的特点第20页
        1.5.3 LNA 的设计原则第20-21页
        1.5.4 LNA 的应用第21-22页
    1.6 研究内容第22-24页
        1.6.1 研究目的第22页
        1.6.2 研究内容第22-23页
        1.6.3 技术路线第23-24页
2 材料与方法第24-35页
    2.1 试验材料第24-27页
        2.1.1 试验菌株第24页
        2.1.2 主要培养基第24-25页
        2.1.3 质粒第25页
        2.1.4 仪器与设备第25-26页
        2.1.5 生化仪器与样品第26-27页
    2.2 试验方法第27-35页
        2.2.1 菌种的培养第27页
        2.2.2 细菌DNA 模板的提取(SK1201 细菌基因组DNA 提取试剂盒)第27页
        2.2.3 片段的保守选取第27-28页
        2.2.4 单增李斯特氏菌119 bp 基因片段的PCR 扩增第28-29页
        2.2.5 PCR 产物胶回收纯化(按试剂盒说明书操作)第29-30页
        2.2.6 目的重组质粒(标准品)的构建第30-31页
        2.2.7 荧光定量PCR 检测单核增生李斯特氏菌方法的建立第31-32页
        2.2.8 猪肉中单核增生性李斯特氏菌基因组DNA 提取方法比较第32-34页
        2.2.9 荧光定量PCR 方法灵敏度确定第34页
        2.2.10 人工污染样品,确定检测限第34-35页
3 结果与分析第35-45页
    3.1 单增李斯特氏菌818 BP 基因片段的PCR 扩增第35-36页
    3.2 单增李斯特氏菌119 BP 基因片段的PCR 扩增第36-37页
        3.2.1 第二对引物扩增结果第36页
        3.2.2 引物的特异性第36-37页
    3.3 目的重组质粒的鉴定第37-38页
        3.3.1 对目的基因PCR 产物进行T 载体克隆第37页
        3.3.2 质粒线性化处理第37-38页
        3.3.3 标准品OD 值结果在下文中说明第38页
    3.4 荧光定量PCR 方法的建立第38-45页
        3.4.1 用阴性反应监测荧光定量PCR 反应环境第38页
        3.4.2 条件的优化第38-39页
        3.4.3 标准曲线的建立第39-41页
        3.4.4 肉中单增李斯特氏菌DNA 提取方法比较第41-42页
        3.4.5 荧光定量PCR 方法灵敏度确定第42-43页
        3.4.6 人工污染样品,确定检测限第43-44页
        3.4.7 补充说明第44-45页
4 讨论第45-51页
    4.1 单增李斯特检测方法的确定第45-46页
        4.1.1 靶基因的选择第45页
        4.1.2 模板DNA 的提取第45-46页
        4.1.3 模板DNA 的要求第46页
    4.2 荧光定量PCR 技术第46-49页
        4.2.1 试验结果的可靠性第46页
        4.2.2 荧光定量PCR 体系第46-47页
        4.2.3 荧光定量PCR 污染的防控第47-48页
        4.2.4 试验中注意事项总结第48-49页
    4.3 LNA 的优势第49-51页
5 结论第51-52页
6 参考文献第52-57页
在校期间发表的论文第57-58页
作者简介第58-59页
致谢第59-60页
附录1 HLYA 基因119 BP 产物测序彩图第60页
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