Vibrio sp.QY101胞外多糖的分离纯化及抗细菌生物被膜活性研究

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细菌生物被膜是由细菌及其分泌的胞外基质所形成的多细胞结构,它是抗生素渗透和作用的物理屏障。一直以来,细菌胞外多糖被认为是生物被膜形成的重要因子,不但起始细菌的粘附,而且在生物被膜复杂结构的形成中也发挥重要的作用。然而,近期研究却发现少数几种细菌的胞外多糖(例如E. coli II型荚膜多糖)不但不参与生物被膜的形成,而且能抑制其自身甚至其它细菌的生物被膜形成。本实验室在前期工作中发现Vibrio sp.QY101发酵液粗提物具有广谱的生物被膜抑制活性,进一步证明此活性与多糖类物质有关。本文旨在对QY101所分泌的抗细菌生物被膜活性多糖进行分离纯化,分析其性质、组成,并深入研究抗细菌生物被膜活性及作用机制。实验首先采用离子交换色谱和凝胶排阻色谱相结合对QY101发酵液中的多糖进行分离纯化,得到具有抗细菌生物被膜活性的多糖A101。采用现代仪器分析手段,包括IR、HPSEC、HPLC等,对A101的结构特征、化学组成及分子量进行分析。结果表明A101分子量高达546kDa,其单糖组成较复杂,但是以糖醛酸为主、其次为鼠李糖和氨基葡萄糖,其他单糖含量很低。将A101与已知弧菌胞外多糖进行比较,结果显示A101与具有生物被膜抑制活性的Vibrio vulnificus MO6-24 I型荚膜多糖相似,都是以糖醛酸为主、带负电荷的胞外多糖。进一步基因克隆和生物信息学分析表明菌株Vibrio sp.QY101中的确存在I型荚膜多糖转运蛋白(Wza),根据以上结果我们推测A101可能是QY101的I型荚膜多糖。细菌生物被膜形成能力评价体系包括静态模型和动态模型,为了能对生物被膜进行实时观察,首先构建了金黄色葡萄球菌的绿色荧光蛋白表达株RN6390-GFP,荧光倒置显微镜及激光共聚焦结果显示,Flow cell中的RN6390生物被膜在24 h达到成熟,而且在以后较长时间内处于动态平衡的稳定状态。在静态模型条件下,A101对铜绿假单胞菌FRD1和金黄色葡萄球菌RN6390生物被膜的形成都具有明显的抑制作用,而且这种抑制作用具有浓度依赖性。当A101的浓度达到100μg/mL时,其对铜绿假单胞菌FRD1生物被膜的抑制率达75%,对金黄色葡萄球菌RN6390的抑制率超过90%。进一步研究显示,A101的抗生物被膜活性具有普遍性,在测试菌株中,80%(12/15)的革兰氏阴性菌和70%(7/10)的革兰氏阳性菌的生物被膜形成均可以被有效抑制,其中有效率超过50%的达48%(12/25)。在动态的Flow cell模型中,A101的生物被膜抑制活性更为明显,100μg/mL的A101对铜绿假单胞菌FRD1生物被膜抑制率达95%以上,而对金黄色葡萄球菌RN6390的抑制率甚至超过99%。实验中还利用Flow cell模型检测了A101对菌体成熟生物被膜的清除作用,结果显示,100μg/mL A101作用12h对铜绿假单胞菌FRD1成熟生物被膜的清除率即可达85%以上,然而A101对成熟的金黄色葡萄球菌RN6390生物被膜没有清除作用。我们对A101作用机制进行了初步探讨:A101酸完全降解产物失去抗生物被膜活性表明多糖的完整性及复杂结构是其发挥功能所必须的;浮游菌的生长曲线测定结果显示,A101对浮游细菌的生长有略微的促进作用,这表明A101的抗生物被膜活性与抑菌活性无关;细胞粘附性实验显示,A101能够显著降低金黄色葡萄球菌RN6390对材料表面的粘附,而对铜绿假单胞菌FRD1的粘附没有影响;细胞聚集体实验表明,A101对铜绿假单胞菌FRD1和金黄色葡萄球菌RN6390细胞聚集体的形成都具有显著的抑制作用,A101能够破坏铜绿假单胞菌FRD1已形成的细胞聚集体,而对金黄色葡萄球菌RN6390的菌体聚集体没有影响。上述结果表明,A101通过其复杂的结构影响菌体细胞和介质表面及菌体细胞间的相互作用而发挥其抗生物被膜活性。综上所述,本文从Vibrio sp.QY101发酵液中分离纯化到一种既具有广谱生物被膜抑制活性,又具有成熟生物被膜清除作用的胞外多糖,并对该多糖的抗生物被膜作用机制作了初步的探讨。本文的研究为开发细菌生物被膜相关感染的预防和治疗药物开辟了新的途径,并为细菌胞外多糖的生物活性提供新的补充。
摘要第5-7页
Abstract第7-9页
第一章 文献综述第16-40页
    引言第16-17页
    1 细菌生物被膜第17-29页
        1.1 细菌生物被膜概念及组成第17-18页
        1.2 细菌生物被膜形成过程、影响因素及调控机制第18-22页
        1.3 细菌形成生物被膜的意义第22-25页
        1.4 细菌生物被膜和人类感染性疾病第25-29页
    2 细菌胞外多糖第29-34页
        2.1 细菌胞外多糖及其分类第29-30页
        2.2 细菌胞外多糖的制备第30-31页
        2.3 细菌胞外多糖的生物活性及应用第31-34页
    3 细菌胞外多糖在生物被膜形成中的作用第34-38页
        3.1 参与生物被膜形成的细菌胞外多糖第34-35页
        3.2 具有抗生物被膜活性的细菌胞外多糖第35-38页
    4 本论文的研究目的和技术路线第38-40页
        4.1 研究目的第38页
        4.2 技术路线第38-40页
第二章 海洋弧菌QY101 胞外多糖A101 的分离纯化及性质研究第40-82页
    引言第40页
    第一节 海洋弧菌QY101 胞外多糖A101 的分离纯化和化学性质研究第40-62页
        1 实验材料第40-43页
            1.1 菌株第40-41页
            1.2 主要试剂第41页
            1.3 培养基和溶液第41-42页
            1.4 主要实验仪器第42-43页
        2 实验方法第43-50页
            2.1 细菌生物被膜形成能力检测第43-44页
            2.2 胞外多糖A101 的分离纯化[151, 152]第44-46页
                2.2.1 海洋弧菌QY101 的发酵第44页
                2.2.2 弧菌QY101 胞外粗多糖的制备第44页
                2.2.3 蛋白酶法和Sevage 法合用脱蛋白第44-45页
                2.2.4 离子交换色谱分离[153]第45-46页
                2.2.5 凝胶过滤色谱分离第46页
            2.3 总糖含量的测定[154]第46-47页
            2.4 蛋白质含量的测定第47页
            2.5 糖醛酸含量的测定[154]第47-48页
            2.6 A101 单糖组成分析第48-49页
            2.7 A101 分子量测定第49-50页
            2.8 A101 红外吸收光谱分析第50页
        3 实验结果第50-60页
            3.1 粗多糖抽提路线第50页
            3.2 乙醇分级沉淀第50-51页
            3.3 粗多糖理化性质分析第51-54页
                3.3.1 多糖含量的测定第52-53页
                3.3.2 蛋白质含量的测定第53-54页
                3.3.3 糖醛酸含量的测定第54页
            3.4 脱蛋白处理第54-55页
            3.5 离子交换色谱分离第55-56页
            3.6 凝胶排阻色谱纯化第56-57页
            3.7 A101 分子量的分析第57页
            3.8 A101 单糖组成的分析第57-59页
            3.9 A101 的红外吸收分析第59-60页
        4 小结第60-61页
        5 讨论第61-62页
            5.1 细菌胞外多糖分离纯化第61-62页
            5.2 细菌胞外多糖的未来展望第62页
    第二节 A101 多糖生物学性质的初步分析第62-82页
        1 实验材料第62-64页
            1.1 菌株和质粒第62-63页
            1.2 培养基和溶液第63页
            1.3 主要试剂第63页
            1.4 主要实验仪器第63-64页
        2 实验方法第64-70页
            2.1 简并PCR[155]第64-68页
                2.1.1 基因组DNA 模板的制备(CTAB/NaCl 法)第64页
                2.1.2 PCR第64-65页
                2.1.3 PCR 产物胶回收第65页
                2.1.4 DH5αpMD18-T- wzaQY101-1 菌株构建第65-68页
                2.1.5 阳性克隆进行序列测定第68页
            2.2 反向PCR[156]第68-70页
                2.2.1 反向PCR 的引物第68页
                2.2.2 反向PCR 模板的制备第68-69页
                2.2.3 PCR第69-70页
                2.2.4 全序列的获得第70页
            2.3 生物信息学分析[157]第70页
        3 实验结果第70-78页
            3.1 A101 与已知弧菌胞外多糖的比较分析第70-71页
            3.2 QY101 中荚膜多糖转运蛋白基因的克隆第71-76页
                3.2.1 简并PCR第71-74页
                3.2.2 反向PCR第74-76页
            3.3 生物信息学分析第76-78页
                3.3.1 蛋白序列分析第76页
                3.3.2 蛋白信号肽预测第76-77页
                3.3.3 蛋白跨膜疏水区预测第77页
                3.3.4 蛋白二级结构预测第77-78页
        4 小结第78-79页
        5 讨论第79-82页
            5.1 基因克隆第79-80页
            5.2 生物信息学在蛋白质研究中的应用第80-82页
第三章 多糖A101 抗细菌生物被膜活性的研究第82-103页
    引言第82页
    1 实验材料第82-85页
        1.1 菌株、质粒和软件第82-83页
        1.2 主要试剂第83-84页
        1.3 培养基和溶液第84-85页
        1.4 主要实验仪器第85页
    2 实验方法第85-90页
        2.1 金黄色葡萄球菌微管生物膜模型的构建第85-86页
        2.2 96 孔板生物膜模型的构建第86页
        2.3 金黄色葡萄球菌RN6390-GFP 的构建第86-89页
            2.3.1 E. coli DH5α感受态细胞的制备[155]第86-87页
            2.3.2 热激法转化质粒入大肠杆菌[155]第87页
            2.3.3 阳性转化子的鉴定第87-88页
            2.3.4 转化菌株的保存第88页
            2.3.5 金黄色葡萄球菌感受态的制备[172]第88页
            2.3.6 金黄色葡萄球菌RN4220 的电击转化第88-89页
            2.3.7 从金黄色葡萄球菌RN4220 中提取质粒转化RN6390第89页
        2.4 Flow cell 生物被膜模型第89页
        2.5 Flow cell 实验第89-90页
    3 实验结果第90-100页
        3.1 金黄色葡萄球菌生物被膜模型的建立第90-95页
            3.1.1 金黄色葡萄球菌生物被膜微管模型的建立第90-91页
            3.1.2 金黄色葡萄球菌生物被膜96 微孔板模型的建立[167]第91-92页
            3.1.3 金黄色葡萄球菌生物被膜动态模型的构建[173]第92-95页
        3.2 A101 对P. aeruginosa FRD1 和S. aureus RN6390 生物被膜形成抑制作用的分析第95-96页
        3.3 A101 抗细菌生物被膜活性的广谱性检测第96-97页
        3.4 A101 在Flow cell 中对生物被膜形成的抑制作用第97-99页
        3.5 A101 对生物被膜的破坏作用第99-100页
    4 小结第100-101页
    5 讨论第101-103页
        5.1 生物被膜模型构建的意义及选择第101页
        5.2 A101 的潜在价值第101-103页
第四章 A101 抗细菌生物被膜作用机制的探讨第103-112页
    引言第103页
    1 实验材料第103-104页
        1.1 菌株第103页
        1.2 主要试剂第103页
        1.3 主要实验仪器第103-104页
    2 实验方法第104-105页
        2.1 A101 的强酸水解第104页
        2.2 浮游细菌生长曲线的测定第104页
        2.3 菌体对表面粘附能力的检测[191]第104页
        2.4 菌体聚集能力检测第104-105页
        2.5 对菌体团簇破坏能力的检测第105页
    3 实验结果第105-109页
        3.1 A101 的降解产物对细菌生物被膜的影响第105-106页
        3.2 A101 对浮游细菌生长曲线的影响第106-107页
        3.3 A101 对细菌生物被膜形成初期粘附的影响第107页
        3.4 A101 对细菌聚集体形成的影响第107-108页
        3.5 A101 对已形成细菌聚集体的破坏作用第108-109页
    4 小结第109-110页
    5 讨论第110-112页
        5.1 A101 结构与功能第110页
        5.2 A101 抗生物被膜作用机制的进一步推测第110-112页
结语与创新第112-114页
    1 总结第112页
    2 创新点第112-113页
    3 展望第113-114页
参考文献第114-130页
附录第130-131页
致谢第131-132页
在读期间的学术成果第132页
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