铜绿假单胞菌株M18的两个吩嗪合成基因簇的温度依赖性表达受传感器RetS区别性调控

铜绿假单胞菌(PseudomonasaeruginosaM18)论文 传感器RetS、GacS和La
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通过全基因组测序分析发现植物根际分离获得的生防铜绿假单胞菌株M18 (Pseudomonas sp. M18)具有与人类条件致病铜绿假单胞菌株PAO1(P. aeruginosa PAO1)相似的遗传背景,并且都产生吩嗪类化合物,具有phz1和phz2两个吩嗪合成基因簇,然而全局调控系统GacS/GacA对菌株M18中吩嗪化合物的合成具有负调控作用,而在铜绿假单胞菌PAO1中显示出正调控作用。本课题通过研究传感器RetS在不同温度下对吩嗪产量的影响,进而发现在铜绿假单胞菌M18和PAO1中表现出来的区别性调控是跟温度有关,并且通过GacA/RsmA信号通路作用在不同的吩嗪合成基因簇上。而这种由温度引起的对吩嗪进行区别性调控的现象在其他两个传感器GacS和LadS中存在,但三者表现的调控程度并不相同。首先,运用PCR技术从野生型M18菌株中克隆retS基因,并通过同源重组技术构建该基因的抗性插入突变株M18RS,测定M18和M18RS在28℃和37℃两个温度同批培养条件下吩嗪-1-羧酸(PCA)和绿脓菌素(PYO)的产量,发现对于铜绿假单胞菌M18来说,传感器RetS在不同的温度下,对次级代谢产物PCA的产量具有不同的调控方式,在较低的温度28℃时,RetS对PCA的合成具有正调控作用,retS基因的失活导致了PCA产量的下降,而当温度处于37℃时,RetS对PCA和PYO的合成都具有负调控作用,retS基因的失活能够促使PCA和PYO产量的上升,并且上述的现象能通过反式互补实验得到进一步的确认。其次,现有的结果已经证实,PCA的合成由phz1和phz2两个基因簇共同完成,通过测定两个基因簇在野生型M18和retS基因突变株M18RS中28℃和37℃下的转录和翻译融合表达量,发现RetS在28℃时主要正调控phz2基因簇,而37℃主要负调控phz1基因簇,并且都主要作用在翻译水平,即不同的温度下产生的区别性调控是通过不同的吩嗪合成基因簇来完成。进一步通过构建retS和gacA基因的双突变株M18RSG以及GacA的过表达质粒和翻译融合质粒来分析RetS和GacA/RsmA信号通路的关系,发现GacA位于RetS介导的信号通路的下游,并参与信号的传导,RetS在不同温度下对PCA产量的区别性调控主要通过GacA来完成,但gacA自身的表达受温度的影响不大。现有的研究表明,传感器RetS、GacS和LadS介导的信号通路都与GacA有联系,通过分别构建gacS和ladS的单突变株M18GS和M18LS,测定它们在28℃和37℃两个温度下吩嗪-1-羧酸(PCA)和绿脓菌素(PYO)的产量,发现传感器GacS和LadS有自身的调控特异性,但也具有和RetS类似的由温度引起的区别性调控的方式。
摘要第5-7页
ABSTRACT第7-8页
第一章 文献综述第11-30页
    1.1 假单胞菌简介第11页
    1.2 生防假单胞菌第11-12页
    1.3 PGPR 的生防机理第12-14页
    1.4 吩嗪的简介以及生物合成第14-16页
    1.5 吩嗪合成的调控机制第16-27页
        1.5.1 双组份调控系统第16-25页
            1.5.1.1 GacS/GacA 双组份全局调控系统第17-19页
            1.5.1.2 RetS 和LadS第19-25页
        1.5.2 温度作为外界环境信号对微生物次级代谢产物产生的影响第25-27页
    1.6 研究意义和主要内容第27-30页
        1.6.1 研究的意义第27-28页
        1.6.2 研究的内容第28-30页
第二章 材料和方法第30-36页
    2.1 培养基第30页
    2.2 菌株培养条件和保藏第30页
    2.3 抗生素的储备浓度和使用浓度第30-31页
    2.4 DNA 常规操作技术第31页
    2.5 大肠杆菌和假单胞菌感受态细胞的制备和转化第31-32页
    2.6 基于限制性内切酶和连接酶的质粒构建第32-33页
    2.7 β-半乳糖苷酶活性的测定[85]第33-35页
    2.8 PCA 和 PYO 的定量分析第35-36页
第三章 铜绿假单胞菌M18 中retS 基因的鉴定及其功能的研究第36-57页
    3.1 材料和方法第36-44页
        3.1.1 本实验所用菌株和质粒及其来源见表2第36-37页
        3.1.2 铜绿假单胞菌M18 中retS 基因突变株M18RS 的构建第37-39页
            3.1.2.1 retS 基因的克隆第37-38页
            3.1.2.2 突变质粒构建第38页
            3.1.2.3 双亲杂交构建retS 基因突变菌株 M18RS第38-39页
        3.1.3 反式回补质粒pME6000-retS 的构建第39-40页
        3.1.4 5’RACE 方法确定铜绿假单胞菌 M18 中 phzA2-G2 基因簇第二个 转录起始位点第40-44页
            3.1.4.1 5’RCE 的原理第40-41页
            3.1.4.2 5’RCE 的具体步骤第41-44页
        3.1.5 ph22-lacZ 的分段转录融合构建第44页
        3.1.6 β-半乳糖苷酶活性测定和吩嗪-1-羧酸以及绿脓菌素的测定第44页
    3.2 结果第44-57页
        3.2.1 M18 中retS 基因突变株的构建第44-45页
        3.2.2 retS 基因突变导致在不同温度下对吩嗪-1-羧酸的调控方式不同第45-48页
        3.2.3 反式回补实验进一步证明RetS 的基因调控功能第48-49页
        3.2.4 retS 基因在不同温度下对phzA2-G2 基因簇在转录和翻译水平的调控第49-53页
            3.2.4.1 铜绿假单胞菌M18 中phzA2-G2 基因簇第二个转录起始位点的确定第49-50页
            3.2.4.2 retS 基因在不同温度下对phzA2-G2 基因簇在转录水平的调控不明显第50-52页
            3.2.4.3 retS 基因在不同温度下对phzA2-G2 基因簇的调控作用在翻译水平第52-53页
        3.2.5 retS 基因在不同温度下对phzA1-G1 基因簇在转录和翻译水平的调控第53-57页
第四章 RetS 在不同的温度下对PCA 具有的区别性调控与GacA 介导的通路有关第57-66页
    4.1 材料和方法第57-59页
        4.1.1 本实验所用的菌株和质粒以及来源见表3第57页
        4.1.2 retSgacA 基因双突变株M18RSG 的构建第57-58页
        4.1.3 过表达质粒pME6000-gacA 的构建第58页
        4.1.4 gacA-lacZ 的翻译融合构建第58页
        4.1.5 β-半乳糖苷酶活性测定和吩嗪-1-羧酸的测定第58-59页
    4.2 实验结果第59-66页
        4.2.1 传感器RetS 通过GacA 介导的信号通路在不同温度下对PCA 进行区别性调控第59-62页
        4.2.2 温度对gacA 基因的翻译水平有非常微小的影响第62-63页
        4.2.3 gacA 基因在不同温度下对两个phz 基因簇在翻译水平的调控作用第63-66页
第五章 LadS 和GacS 对吩嗪合成在不同温度下的调控第66-72页
    5.1 材料和方法第66-69页
        5.1.1 本实验所用的菌株和质粒以及来源见表4第66页
        5.1.2 ladS 基因和gacS 基因的无缝删除突变株的构建第66-69页
            5.1.2.1 基因组片段的扩增第66-67页
            5.1.2.2 上游和下游片段的扩增链接第67-68页
            5.1.2.3 突变质粒的构建第68页
            5.1.2.4 双亲杂交获得删除突变菌株M18LS 和M18GS第68-69页
        5.1.3 β-半乳糖苷酶活性测定和吩嗪-1-羧酸以及绿脓菌素的测定第69页
    5.2 结果分析第69-72页
        5.2.1 M18LS 和M18GS 删除突变株构建第69-70页
        5.2.2 M18LS 和M18GS 突变株对吩嗪合成的调控方式与温度有关第70-72页
第六章 讨论与展望第72-76页
参考文献第76-85页
致谢第85-87页
攻读硕士期间论文发表情况及所获奖励第87页
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