13例Menkes病患者ATP7A基因突变的分析
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目的对13例Menkes病(Menkes disease, MD)患者的临床资料、ATP7A基因的突变和拷贝数的变异(Copy number variation, CNV)进行分析,明确基因诊断,探讨基因型和表型之间的相关性以及遗传特征,了解我国Menkes病患者基因突变的常见形式以及突变热点。方法通过收集Menkes病患者的临床资料及其家属的外周静脉血液,提取患者及其家属的基因组DNA,采用聚合酶链反应(PCR,polymerase chain reaction)后DNA直接测序的方法以及多重连接依赖式探针扩增技术(MLPA,multipleligation-dependent probe amplification)检测ATP7A基因的突变,明确基因突变的类型,对患者通过基因诊断来确诊。结果13例患者全部为Menkes病的经典型,检测到的13个ATP7A基因突变共为11种突变,包括3种错义突变、占27%;3种剪接位点的突变、占27%;2种小缺失突变、占18%;1种大片段缺失的突变、占9%;1种无义突变、占9%;1种插入突变、占9%。其中3种错义突变分别为c.3028A>C(p.T1010P)、c.2179G>A(p.G727R)和c.3914A>G(p.D1305G);3种剪接位点的突变为IVS20+1G>A、IVS20-7delTTCTT和IVS18+1G>A;2种小缺失突变为c.2589delTGAAGGA+c.2598delTT+c.2601delT+c.2603delT+c.2605delGTAGATGA (p.E864fsX883)和c.3045delT(p.T1016fsX1018);1种大片段缺失的突变为c.21732406del(p.F725K802del);1种无义突变为c.1642G>T (p.Glu548*);1种插入突变为c.16421643insA (P.Leu549ThrfsX12)。以上突变经过100条正常的染色体对照后均未发现同样位点的改变,即非单核苷酸的多态性(SNP)。其中有1例患儿系PCR检测为阴性之后通过多重连接依赖探针扩增技术检测出其存在大片段的缺失。检测到的11种ATP7A基因突变中,仅有c.2179G>A (p.G727R)和c.3914A>G(p.D1305G)2种突变(18.18%)为国际上已经报道过的突变,其余的9种突变(81.82%)均为ATP7A基因数据库(ATP7A database, www.LOVD.nl/ATP7A)中没有报道过的新突变。13例患者的突变其中有7例为母系遗传,其母亲均为表型正常的携带者,占所有突变的53.85%;6例为新生突变,占所有突变的46.15%,新生突变的比例之大提高了该患者家属中携带有此突变位点女性行产前诊断的成功率。2位Menkes病患儿检测出c.2179G>A (p.G727R)的同一种突变,另2位Menkes病患儿则检测出另外一种突变IVS20+1G>A。结论13例患儿临床表型全部为经典型,且均为男性,提示中国人的主要临床表型和其余国家的主要临床表型一致。11种突变中9种为国际上未报道的突变,这提示我国可能有自己的ATP7A基因突变谱。c.2179G>A (p.G727R)和IVS20+1G>A两种突变可能为我国Menkes病患者ATP7A基因的高发突变。同为c.2179G>A (p.G727R)突变的患儿,47,XXY/46,XY嵌合体比染色体核型正常的患儿发病年龄早且临床表现严重。同为IVS20+1G>A突变的2例患儿,1例以癫痫起病,而另1例则以智力运动发育落后起病,同一突变的患儿临床表型可有差异。大片段缺失的患儿较小片段或者单个碱基缺失者发病年龄早,临床表现严重。
中文摘要 | 第5-8页 |
Abstract | 第8-9页 |
前言 | 第10-11页 |
1 实验材料及耗材 | 第11-14页 |
1.1 实验材料和分子生物学试剂 | 第11-13页 |
1.2 实验设备和仪器 | 第13页 |
1.3 主要应用软件 | 第13页 |
1.4 常用网上资源 | 第13-14页 |
2 实验方法 | 第14-26页 |
2.1 技术路线 | 第14-15页 |
2.2 纳入标准 | 第15页 |
2.3 收集临床资料及外周血 | 第15-19页 |
2.4 盐析法提取基因组 DNA | 第19-20页 |
2.5 制备 DNA 工作液 | 第20页 |
2.6 聚合酶链式反应(PCR) | 第20-24页 |
2.7 多重连接依赖式探针扩增技术 | 第24-25页 |
2.8 蛋白功能预测 | 第25-26页 |
3 结果 | 第26-35页 |
3.1 ATP7A 基因突变类型 | 第26-33页 |
3.2 临床特征 | 第33-34页 |
3.3 蛋白功能的预测 | 第34-35页 |
4 讨论 | 第35-42页 |
5 结论 | 第42-43页 |
参考文献 | 第43-45页 |
综述 | 第45-53页 |
参考文献 | 第51-53页 |
附录 | 第53-54页 |
攻读学位期间发表文章情况 | 第54-55页 |
致谢 | 第55-56页 |
个人简历 | 第56页 |
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