黄河兰州段微生物群落功能和结构在重金属还原过程中的变化以及重金属还原菌的筛选

微生物群落论文 铬还原论文 GeoChip芯片和454焦磷酸测序论文 汞还原论文
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位于黄河上游的黄河兰州段,在近几年来,受到重金属以及多环芳烃的污染严重。我们认为当地的微生物已经产生了适应这种污染环境的机制,并且可以被我们利用到环境治理中。本研究收集了黄河沿岸的距离很近的两处土壤样品(样点A和B),然后加入铬(Ⅵ)并在实验室条件下进行37℃恒温培养30天。但是我们只在样点A的土壤样品组中观察到了铬(Ⅵ)的还原。这两个样点在加入铬(Ⅵ)之前和之后的微生物群落的结构,组成以及生物活动的变化通过GeoChip4.0和454焦磷酸测序来分析。GeoChip结果显示,在样点A土壤样品为生物群落中,参与碳循环,氮循环和金属抗性相关基因在铬(Ⅵ)培养30天之后有显著性的(p<0.05)增加。454焦磷酸测序分析显示,A样点土壤样品中Thiobacillus种群占微生物群落的比例在经过30天的铬(Ⅵ)培养之后从0.9%增加至43.7%。这两组土壤样品的铬(Ⅵ)还原的差异可能是由于它们之间硫化合物以及碳源浓度的不同造成的。本研究还从土壤样品中分离出了5株具有铬(Ⅵ)抗性或者还原能力的细菌,通过16S rRNA基因序列比对初步鉴定为Staphylococcus aureus或者lysinibacillus.Lzu-02菌株能够在有氧条件下将40μM汞(Ⅱ)还原为单质汞。Lzu-02在M9培养基中还原汞(Ⅱ)的最佳条件为:pH6和37℃。通过16S rRNA基因序列比对以及Vitek表型鉴定,我们将Lzu-02鉴定为Staphylococcus epidermidis.在Lzu-02菌株中含有一个mer操纵子,目前检测到该操纵子由SmerR, SmerC, SmerT和SmerA基因组成。Lzu-02菌株在含有40μM汞(Ⅱ)的M9培养基中培养后,操纵子中三个基因(SmerC, SmerT和SmerA)的相对表达水平有了显著性的上调(p<0.05)。对于以上细菌的初步研究为兰州黄河段地区重金属的生物修复提供了可行性的理论研究。本研究是对兰州土壤微生物群落的结构,组成以及多样性的首次报道,并且提供了有关铬(Ⅵ)和汞(Ⅱ)的还原机制,为以后在黄河兰州段的污染物的治理提供了基础研究。
摘要第3-5页
Abstract第5-6页
目录第7-10页
第一章 引言第10-14页
    1.1 土壤微生物作用第10页
    1.2 兰州污染现状第10-11页
    1.3 铬和汞的危害第11页
    1.4 污染物的治理第11-12页
    1.5 GeoChip和454测序第12页
    1.6 研究的目的和意义第12-14页
第二章 材料和方法第14-21页
    2.1 采样地点第14-15页
    2.2 土壤微生物群落在六价铬铬还原过程中的变化第15-16页
        2.2.1 土壤理化性质的测定第15页
        2.2.2 实验室培养条件下铬(Ⅵ)的还原第15页
        2.2.3 土壤微生物总DNA的提取第15页
        2.2.4 GeoChip分析第15-16页
        2.2.5 16S rRNA的454测序第16页
        2.2.6 测序结果初步筛选第16页
        2.2.7 GeoChip数据分析第16页
    2.3 二价汞还原菌的研究第16-20页
        2.3.1 二价汞还原菌的筛选第16-17页
        2.3.2 菌株16S rRNA基因鉴定第17页
        2.3.3 Lzu-02菌株最适温度以及pH的测定第17页
        2.3.4 汞(Ⅱ)还原的测定第17-18页
        2.3.5 Lzu-02菌株对汞(Ⅱ)还原的测定第18页
        2.3.6 汞(Ⅱ)还原机制原理第18页
        2.3.7 铬(Ⅵ),汞(Ⅱ),砷(Ⅴ)对Lzu-02菌株的最小抑制浓度第18-19页
        2.3.8 总RNA的提取第19页
        2.3.9 实时定量PCR第19-20页
    附表第20-21页
第三章 结果第21-41页
    3.1 土壤微生物群落在六价铬铬还原过程中的变化第21-32页
        3.1.1 土壤理化性质第21-22页
        3.1.2 土壤中铬(Ⅵ)的还原第22-23页
        3.1.3 土壤微生物群落功能基因对铬(Ⅵ)的应答第23-25页
        3.1.4 微生物种群对铬(Ⅵ)的应答第25-26页
        3.1.5 铬(Ⅵ)对主要功能基因的影响第26-28页
        3.1.6 CCA分析结果第28-30页
        3.1.7 铬(Ⅵ)还原菌的筛选第30-32页
    3.2 二价汞还原菌的研究第32-41页
        3.2.1 汞抗性菌的筛选第32页
        3.2.2 16S rRNA的测序和表型第32-33页
        3.2.3 温度和pH值对Lzu-02生长的影响第33-34页
        3.2.4 Lzu-02对汞(Ⅱ)的还原第34-37页
        3.2.5 Lzu-02对砷(Ⅴ)和铬(Ⅵ)的抗性第37-38页
        3.2.6 汞(Ⅱ)还原相关基因的鉴定以及定量分析第38-41页
第四章 讨论第41-45页
    4.1 微生物群落结构第41-43页
    4.2 汞还原菌的研究第43-45页
第五章 结论第45-46页
参考文献第46-55页
在学期间的研究成果第55-56页
致谢第56页
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