符号说明 | 第5-12页 |
中文摘要 | 第12-15页 |
Abstract | 第15-18页 |
1 前言 | 第19-26页 |
1.1 植物花芽分化研究的现状和发展趋势 | 第19-24页 |
1.1.1 植物调控花芽分化的途径 | 第20页 |
1.1.2 光周期途径中涉及的光受体基因 | 第20-21页 |
1.1.3 光周期途径中涉及的生物节律钟基因 | 第21-22页 |
1.1.4 光周期途径中涉及的节律钟下游基因 | 第22-23页 |
1.1.5 菊花与光周期途径相关基因的研究 | 第23-24页 |
1.1.5.1 光周期对菊花开花的影响 | 第23-24页 |
1.1.5.2 菊花花芽分化研究进展 | 第24页 |
1.2 研究的目的意义 | 第24-26页 |
2 材料与方法 | 第26-48页 |
2.1 植物材料和处理 | 第26-28页 |
2.1.1 植物材料和试验处理 | 第26-27页 |
2.1.2 主要试剂及仪器 | 第27页 |
2.1.3 数据分析用软件 | 第27-28页 |
2.2 采取的研究方案及技术路线 | 第28页 |
2.2.1 研究方案 | 第28页 |
2.2.2 技术路线 | 第28页 |
2.3 菊花花芽分化期转录组 cDNA 文库的构建及测序分析 | 第28-31页 |
2.3.1 菊花总 RNA 的提取 | 第28-30页 |
2.3.1.1 试验用品前期处理 | 第28-30页 |
2.3.1.2 提取菊花花芽分化阶段总 RNA | 第30页 |
2.3.2 转录组 cDNA 固相文库的构建和测序 | 第30-31页 |
2.3.3 转录组 Unigenes 信息分析 | 第31页 |
2.4 菊花花芽分化期数字基因表达谱测序及信息分析 | 第31-36页 |
2.4.1 数字基因表达谱文库的构建和测序 | 第31-34页 |
2.4.2 数字基因表达谱文库测序信息分析 | 第34-36页 |
2.4.2.1 基因表达注释 | 第34-35页 |
2.4.2.2 差异基因表达模式聚类分析 | 第35页 |
2.4.2.3 差异基因表达 Gene Ontology 功能显著性富集分析 | 第35-36页 |
2.4.2.4 差异基因表达 Pathway 显著性富集分析 | 第36页 |
2.5 菊花光周期途径关键基因的克隆 | 第36-48页 |
2.5.1 应用 RT-PCR、RACE 技术克隆关键基因 cDNA 全长序列 | 第36-45页 |
2.5.1.1 cDNA 第一链反转录步骤 | 第36-37页 |
2.5.1.2 关键基因 CmGI、CmCOL 引物的设计 | 第37-39页 |
2.5.1.3 引物验证试验设计 | 第39页 |
2.5.1.4 关键基因片段验证 | 第39-40页 |
2.5.1.5 3’RACE | 第40-41页 |
2.5.1.6 5’RACE | 第41-42页 |
2.5.1.7 测序步骤 | 第42-45页 |
2.5.2 关键基因的 cDNA 全长序列分析 | 第45-46页 |
2.5.3 关键基因的实时荧光定量分析 | 第46-48页 |
2.5.3.1 荧光定量引物设计 | 第46页 |
2.5.3.2 荧光定量 PCR 体系和数据处理 | 第46-48页 |
3 结果与分析 | 第48-95页 |
3.1 菊花花芽分化期转录组 unigenes 分析 | 第48-57页 |
3.1.1 菊花花芽分化期 unigenes 的获取 | 第48-49页 |
3.1.2 菊花花芽分化期 unigenes 的 GO 功能分类注释 | 第49-50页 |
3.1.2.1 菊花花芽分化期 unigenes 参与的分子功能 | 第49页 |
3.1.2.2 菊花花芽分化期 unigenes 涉及的细胞组分 | 第49页 |
3.1.2.3 菊花花芽分化期 unigenes 参与的生物过程 | 第49-50页 |
3.1.3 菊花花芽分化期 unigenes 涉及的代谢通路分析 | 第50-52页 |
3.1.4 菊花花芽分化期涉及植物节律代谢途径的 unigenes 分析 | 第52-54页 |
3.1.5 菊花花芽分化期 unigenes 的编码蛋白(CDS)分析 | 第54-55页 |
3.1.6 菊花花芽分化期 unigene 的 COG 注释功能 | 第55-57页 |
3.2 菊花花芽分化期的数字基因表达谱分析 | 第57-72页 |
3.2.1 数字基因表达谱数据评价分析 | 第57-61页 |
3.2.2 六个文库部分差异表达基因等级聚类分析 | 第61页 |
3.2.3 六个文库差异表达基因统计分析 | 第61-62页 |
3.2.4 六个文库涉及植物节律通路的部分 tags 分析 | 第62-63页 |
3.2.5 六个文库差异表达基因 Pathway 显著性富集分析 | 第63-65页 |
3.2.6 六个文库差异表达基因 Gene Ontology 功能显著性富集分析 | 第65-72页 |
3.2.6.1 1-RNAvs2-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析 | 第65-67页 |
3.2.6.2 2-RNAvs3-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析 | 第67页 |
3.2.6.3 3-RNAvs4-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析 | 第67页 |
3.2.6.4 4-RNAvs5-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析 | 第67-71页 |
3.2.6.5 5-RNAvs6-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析 | 第71-72页 |
3.3 菊花节律钟输出基因 CmGI(GIGANTEA)的克隆及序列信息和定量表达分析 | 第72-82页 |
3.3.1 CmGI 基因 cDNA 全长克隆 | 第72-74页 |
3.3.2 CmGI 蛋白质序列分析 | 第74-76页 |
3.3.3 CmGI 蛋白质基本性质分析 | 第76-77页 |
3.3.4 CmGI 蛋白质二级结构分析 | 第77页 |
3.3.5 CmGI 蛋白质三级结构分析 | 第77-78页 |
3.3.6 CmGI 的 mRNA 相对定量表达分析 | 第78-82页 |
3.3.6.1 引物设计和扩增特异性的分析 | 第78-79页 |
3.3.6.2 菊花 CmGI mRNA 的昼夜相对定量表达分析 | 第79-80页 |
3.3.6.3 菊花 CmGI mRNA 在花芽不同分化阶段中的相对定量表达分析 | 第80-81页 |
3.3.6.4 菊花 CmGI mRNA 在组培苗、花蕾期及盛花期的相对定量表达分析 | 第81-82页 |
3.4 菊花开花相关基因 CmCOL(CONSTANS-Like)的克隆及序列信息分析 | 第82-88页 |
3.4.1 CmCOL 基因 cDNA 全长克隆 | 第82-83页 |
3.4.2 CmCOL 序列信息分析 | 第83-88页 |
3.4.3 CmCOL 蛋白质基本性质分析 | 第88页 |
3.4.4 CmCOL 蛋白质的二级结构 | 第88页 |
3.4.5 CmCOL 蛋白质的三级结构 | 第88页 |
3.5 CmCOL、CmFTL mRNA 相对定量表达分析 | 第88-94页 |
3.5.1 引物设计和扩增特异性的分析 | 第88-90页 |
3.5.2 CmCOL mRNA 昼夜相对定量表达分析 | 第90-92页 |
3.5.3 CmCOL mRNA 在花芽分化不同阶段的相对定量表达分析 | 第92页 |
3.5.4 CmCOL mRNA 在组培苗、花蕾期、盛花期的相对定量表达分析 | 第92页 |
3.5.5 CmFTL mRNA 昼夜相对定量表达分析 | 第92页 |
3.5.6 CmFTL mRNA 在花芽分化不同阶段的相对定量表达分析 | 第92页 |
3.5.7 CmFTL mRNA 在组培苗、花蕾期、盛花期的相对定量表达分析 | 第92-94页 |
3.6 CmGI、CmCOL、CmFTL mRNA 相对定量表达比较分析 | 第94-95页 |
4 讨论 | 第95-102页 |
4.1 菊花花芽分化期转录组信息 | 第95-96页 |
4.1.1 EST 法筛选菊花花芽分化期 unigenes | 第95页 |
4.1.2 菊花花芽分化期 Unigenes 的 GO 功能分类 | 第95页 |
4.1.3 菊花花芽分化期 Unigene 的 KEGG 代谢途径注释 | 第95-96页 |
4.1.4 转录组序列信息的应用 | 第96页 |
4.2 菊花花芽分化期数字表达谱信息 | 第96-100页 |
4.2.1 涉及植物节律钟通路的 tags 分析 | 第96-97页 |
4.2.2 六个文库主要富集 Pathway 分析 | 第97-98页 |
4.2.3 花芽未分化期差异表达基因功能显著性富集分析 | 第98页 |
4.2.4 花芽分化启动期差异表达基因功能显著性富集分析 | 第98页 |
4.2.5 总苞鳞片分化中期差异表达基因功能显著性富集分析 | 第98-99页 |
4.2.6 小花原基分化中期差异表达基因功能显著性富集分析 | 第99页 |
4.2.7 花冠分化末期即花芽分化完成期差异表达基因功能显著性富集分析 | 第99页 |
4.2.8 数字基因表达谱信息的应用 | 第99-100页 |
4.3 菊花 CmGI、CmCOL、CmFTL 基因对光周期响应的关联性 | 第100-102页 |
5 结论 | 第102-105页 |
5.1 菊花花芽分化期转录组 unigenes GO 功能分类 | 第102页 |
5.2 菊花花芽分化期转录组 unigenes 涉及的代谢途径 | 第102页 |
5.3 菊花花芽分化期涉及植物节律途径的数字基因表达谱 | 第102页 |
5.4 菊花花芽分化期差异表达基因显著富集的代谢途径 | 第102页 |
5.5 菊花花芽分化期不同阶段差异表达基因富集参与的生物功能 | 第102-103页 |
5.6 菊花节律钟输出基因 CmGI 序列信息及表达特征 | 第103-104页 |
5.7 菊花开花相关基因 CmCOL 序列信息及表达特征 | 第104页 |
5.8 菊花 CmFTL 基因的表达特征 | 第104页 |
5.9 菊花 CmGI、CmCOL、CmFTL 基因的关联性表达特征 | 第104页 |
本论文的创新点 | 第104-105页 |
6 参考文献 | 第105-119页 |
7 附录 | 第119-122页 |
8 致谢 | 第122-123页 |
9 攻读学位期间发表论文情况 | 第123页 |