| 摘要 | 第3-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| Table of Contents | 第9-12页 |
| Chapter 1 Introduction | 第12-22页 |
| 1.1 Named Entity Recognition in Biomedicine | 第12-13页 |
| 1.2 Problems in Biomedical Named Entity Recognition | 第13-15页 |
| 1.3 Summary of Proposed Work | 第15-17页 |
| 1.4 Research Hypothesis | 第17-18页 |
| 1.5 Research Assumptions | 第18页 |
| 1.6 Contributions | 第18-20页 |
| 1.7 Overview of the Thesis | 第20-22页 |
| Chapter 2 Review of Previous Works | 第22-43页 |
| 2.1 Dictionary Based Method | 第22-23页 |
| 2.2 Rule Based Method | 第23-26页 |
| 2.3 Machine Learning Based Method | 第26-38页 |
| 2.4 Advantages and Disadvantages | 第38-40页 |
| 2.5 Evaluation | 第40页 |
| 2.6 Previous Work that are related to Thesis’Development | 第40-41页 |
| 2.7 Summary | 第41-43页 |
| Chapter 3 Features and Limitations on Previous Approaches | 第43-72页 |
| 3.1 Information Features | 第43-45页 |
| 3.1.1 Internal Information | 第43-44页 |
| 3.1.2 External Information | 第44-45页 |
| 3.2 Kinds of feature | 第45-66页 |
| 3.2.1 Orthographic Feature | 第45-47页 |
| 3.2.2 Morphology Feature | 第47页 |
| 3.2.3 Part of Speech Feature (POS) | 第47-50页 |
| 3.2.4 Term Feature | 第50-54页 |
| 3.2.5 Word Shape Feature | 第54-60页 |
| 3.2.6 Unigram and Bi-gram | 第60-66页 |
| 3.3 Limitations of Previous Approaches | 第66-68页 |
| 3.3.1 Features | 第66-67页 |
| 3.3.2 Boundary Problems | 第67-68页 |
| 3.3.3 Cascading Problems | 第68页 |
| 3.4 Difficulties in Integrated Previous Approaches | 第68-69页 |
| 3.5 Our Approaches | 第69-70页 |
| 3.6 Summary | 第70-72页 |
| Chapter 4 Protein Named Entity Classification | 第72-89页 |
| 4.1 Definition of Named Entity Classification Problem | 第72-77页 |
| 4.1.1 Named Entity Identification task | 第74页 |
| 4.1.2 Named Entity Boundary Fixation task | 第74-77页 |
| 4.1.3 Named Entity Classification task | 第77页 |
| 4.2 Methods | 第77-87页 |
| 4.2.1 Dictionary Preservation | 第78-81页 |
| 4.2.2 Entity Identification | 第81-82页 |
| 4.2.3 Entity Boundary Fixation | 第82-84页 |
| 4.2.4 Entity Semantic Classification | 第84-87页 |
| 4.3 Summary | 第87-89页 |
| Chapter 5 Experiments and Evaluations | 第89-105页 |
| 5.1 Experiments | 第89-101页 |
| 5.1.1 Our Proposed Feature | 第89-91页 |
| 5.1.2 Entity Identification Task | 第91-92页 |
| 5.1.3 Entity Boundary Fixation Task | 第92-95页 |
| 5.1.4 Entity Semantic Classification Task | 第95-100页 |
| 5.1.5 Overall System Performance | 第100-101页 |
| 5.2 Evaluations | 第101-103页 |
| 5.3 Summary and Conclusion | 第103-105页 |
| Chapter 6 Generalization, Limitation and Future Work | 第105-108页 |
| 6.1 Generalizability | 第105页 |
| 6.2 Limitations | 第105-107页 |
| 6.3 Future Works | 第107页 |
| 6.4 Summary | 第107-108页 |
| References | 第108-112页 |
| Acknowledgements | 第112页 |
| 声明 | 第112-113页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第113页 |
