第一部分 以莽草酸脱氢酶为靶点的抗结核药物筛选研究 第二部分 靶向结核分枝杆菌耐酸机制药物筛选模型的前期研究

结核分枝杆菌论文 MtSD抑制剂论文 高通量筛选模型论文
论文详情
本论文包括两部分的工作:第一部分莽草酸脱氢酶(Shikimate dehydrogenase, SD)与结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis, MTB)的生长繁殖密切相关,被认为是潜在的抗结核药物新靶标。获得具有抗结核活性的结核分枝杆菌莽草酸脱氢酶(MtSD)抑制剂,对于该靶标的验证具有重要意义。本论文在克隆表达MtSD的基础上,采用反复冻融和Ni2+亲和层析的方法,纯化得到了高纯度的MtSD;并验证了所得到的MtSD具有天然SD酶活性;优化了酶活测定体系,构建了以MtSD为靶点的高通量抗结核药物筛选模型;应用此模型对5万个化合物进行了筛选,得到11个具有抑制MtSD活性的化合物,筛选阳性率为0.022%;对MtSD抑制剂进行抗菌活性测定,从中发现10个有抗结核活性的化合物,其中7957118的MIC为05μg kg-1本论文为高通量筛选MtSD抑制剂提供了切实可行的方法。采用分子对接方法对筛到的具有抗结核活性的化合物与MtSD蛋白的相互作用方式进行评价,发现抗结核活性较好的化合物7957118与MtSD对接分值较高,通过酶动力学研究,阐明化合物7957118为MtSD的非竞争性抑制剂,抑制常数Ki为70.55μM。通过MTS法评价了9个抗结核活性化合物对小鼠巨噬细胞J774A.1的毒性,发现3个化合物细胞毒性较低,其中7957118酶抑制活性高且细胞毒性低,有可能成为作用于MtSD的新型抗结核先导化合物,同时为验证MtSD可以作为抗结核药物新靶标提供了探针分子。第二部分结核杆菌的耐酸能力与其在宿主体内的长期存在密切相关,从破坏其耐酸能力入手有可能获得全新作用方式的抗结核药物。本论文通过比较分枝杆菌的抗酸性,确定了耻垢杆菌可以作为模式菌,进行靶向结核杆菌耐酸机制的药物研究;利用同源重组的方法敲除了耻垢杆菌中Rv3671c的同源基因MSMEG6183,得到了该基因的突变体,该突变体的菌体形态发生改变且耐酸性下降。已经获得的实验结果为进一步开展相关研究奠定了基础。
缩略语表第7-9页
中文摘要第9-10页
英文摘要第10-11页
前言第12-15页
实验材料与仪器第15-23页
    1 菌株及细胞第15页
    2 质粒第15页
    3 培养基第15-17页
    4 主要试剂第17-18页
    5 溶液第18-21页
    6 试剂盒第21页
    7 工具酶第21页
    8 主要仪器第21-23页
第一部分第23-53页
    实验方法第23-35页
        1 重组MtSD的生化特性预测第23页
        2 重组MtSD表达条件选择第23页
        3 表达、纯化重组MtSD第23-25页
        4 纯化蛋白的SDS-PAGE电泳检测第25-27页
        5 MtSD活性测定原理及方法第27页
        6 MtSD稳定性测定第27-28页
        7 优化筛选条件第28-29页
        8 评价MtSD高通量筛选模型第29页
        9 应用筛选模型第29-31页
        10 阳性化合物最低抑菌浓度(MIC)的测定第31-32页
        11 抗结核活性化合物ADMET预测第32页
        12 抗结核活性化合物毒理学性质预测第32页
        13 虚拟对接阐明相互作用第32-33页
        14 阳性化合物7957118对MtSD的动力学研究第33页
        15 初步评价抗结核活性化合物的细胞毒性第33-35页
    实验结果第35-53页
        1 MtSD的生化特性第35页
        2 重组MtSD表达条件选择第35-36页
        3 重组MtSD的分离纯化第36-38页
        4 MtSD活性第38-39页
        5 MtSD稳定性第39-40页
        6 筛选条件的优化第40-43页
        7 MtSD高通量筛选模型的评价第43-45页
        8 MtSD抑制剂的筛选结果第45页
        9 阳性化合物最低抑菌浓度(MIC)第45-47页
        10 抗结核活性化合物ADMET性质第47页
        11 抗结核活性化合物毒理学性质第47-48页
        12 虚拟对接阐明相互作用第48-51页
        13 阳性化合物7957118对MtSD的动力学研究第51页
        14 抗结核活性化合物初步的细胞毒性研究第51-53页
第二部分第53-83页
    实验方法第53-68页
        1 MTB Rv3671c与分枝杆菌模式菌相关基因的同源性分析第53页
        2 比较MM和MS的抗酸性第53页
        3 评价MS在pcit-Ty中的耐酸性第53页
        4 构建MS中Rv3671c的同源基因MSMEG_6183突变体第53-65页
        5 MSMEG_6183突变体的验证第65-66页
        6 比较MSMEG_6183突变体与野生型生长速度第66页
        7 观察MSMEG_6183突变体和野生型菌落形态第66页
        8 扫描电镜观察MSMEG_6183突变体和野生型菌体形态第66-67页
        9 分析MSMEG_6183突变体耐酸性第67-68页
    实验结果第68-83页
        1 MTB Rv3671c与分枝杆菌相关基因的同源性第68页
        2 MM和MS的抗酸性比较第68-69页
        3 MS耐酸性评价第69页
        4 MS中Rv3671c的同源基因MSMEG_6183的突变体构建第69-77页
        5 MSMEG_6183突变体的验证第77-80页
        6 MSMEG_6183突变体与野生型生长速度比较第80-81页
        7 MSMEG_6183突变体和野生型的菌落形态第81-82页
        8 扫描电镜下MSMEG_6183突变体和野生型的菌体形态第82页
        9 野生型和MSMEG_6183突变体耐酸性比较第82-83页
讨论第83-86页
结论第86-87页
参考文献第87-89页
文献综述第89-99页
    参考文献第94-99页
致谢第99-100页
附录第100-127页
    附录1 阳性化合物T6186050毒理学性质预测表第100-102页
    附录2 阳性化合物T6230384毒理第102-104页
    附录3 阳性化合物73021010毒理学性质预测表第104-106页
    附录4 阳性化合物7957118毒理学性质预测表第106-108页
    附录5 阳性化合物T6129136毒理学性质预测表第108-110页
    附录6 阳性化合物T6203697毒理学性质预测表第110-112页
    附录7 阳性化合物T6204983毒理学性质预测表第112-114页
    附录8 阳性化合物T6224441毒理学性质预测表第114-116页
    附录9 阳性化合物T6298832毒理学性质预测表第116-118页
    附录10 阳性化合物T6216693毒理学性质预测表第118-120页
    附录11-1 pNIL-LR/LR片段序列结果第120-122页
    附图11-2 pNIL-LR/LR片段序列结果第122-124页
    附图11-3 pNIL-LR/LR片段序列结果第124-126页
    图12 MSMEG_6183突变体PCR片段序列结果第126-127页
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