环境样品中微生物细胞大小分布及其与系统发生和生态学意义的关联

环境微生物论文 细胞大小论文
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摘要第8-9页
Abstract第9页
第一章 引言第10-25页
    1.1 微生物生态学的研究内容和方法第10-16页
        1.1.1 传统微生物生态学第10-13页
        1.1.2 现代微生物生态学第13-16页
    1.2 环境中微生物的细胞大小和生长速率第16-24页
        1.2.1 微生物的细胞大小第16-19页
        1.2.2 微生物的生长速率第19-21页
        1.2.3 微生物的细胞大小与生长速率的关系第21-24页
    1.3 本论文的研究方案和意义第24-25页
第二章 材料和方法第25-43页
    2.1 样品采集和处理第25-28页
        2.1.1 样品采集第25-26页
        2.1.2 样品处理第26-28页
    2.2 实验材料第28-30页
        2.2.1 主要仪器设备第28页
        2.2.2 主要耗材第28-29页
        2.2.3 主要试剂第29-30页
    2.3 DNA提取第30-31页
    2.4 RNA提取、检测和DNA的同步洗脱第31-33页
        2.4.1 RNA提取和DNA洗脱第31页
        2.4.2 RNA定量第31-32页
        2.4.3 RNA质量检测第32页
        2.4.4 RNA反转录为cDNA第32-33页
    2.5 常规PCR与荧光定量PCR第33-35页
        2.5.1 常规PCR第33-34页
        2.5.2 荧光定量PCR反应体系和程序第34页
        2.5.3 荧光定量PCR标准曲线第34-35页
        2.5.4 待测样品的荧光定量PCR第35页
    2.6 高通量数据分析第35-43页
        2.6.1 16S rRNA基因V4区数据分析第35-38页
        2.6.2 宏基因组数据分析第38-43页
第三章 结果与分析第43-72页
    3.1 基于16S rRNA基因的粒径分级样品分析第43-65页
        3.1.1 四种环境样品各个粒径分级的16S rRNA基因拷贝数第43页
        3.1.2 分类学水平上不同粒径分级菌群的多样性差异第43-48页
        3.1.3 各个粒径分级的微生物群落间的beta多样性差异第48页
        3.1.4 各个粒径分级的微生物群落之间的NMDS分析第48-52页
        3.1.5 不同粒径分级样品中OTUs聚类分析第52-63页
        3.1.6 两次同一污水厂活性污泥样品的菌群粒径分布一致性分析第63-65页
    3.2 基于宏基因组的粒径分级样品分析第65-72页
        3.2.1 宏基因组数据基本信息第65页
        3.2.2 基因组基本信息第65页
        3.2.3 基因组的cluster-groups分析第65-72页
第四章 讨论第72-77页
    4.1 粒径分级和微生物细胞大小聚类分析第72页
    4.2 微生物细胞大小与分类第72-74页
        4.2.1 不同细胞大小的微生物类群分布第72页
        4.2.2 近缘物种的微生物细胞大小第72-74页
    4.3 微生物细胞大小与丰度第74-75页
    4.4 活性污泥中不同大小微生物细胞的代谢活性和生长速率第75-77页
第五章 结论、创新点和不足第77-79页
参考文献第79-88页
附录第88-99页
致谢第99页
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