环境样品中微生物细胞大小分布及其与系统发生和生态学意义的关联
环境微生物论文 细胞大小论文
论文详情
摘要 | 第8-9页 |
Abstract | 第9页 |
第一章 引言 | 第10-25页 |
1.1 微生物生态学的研究内容和方法 | 第10-16页 |
1.1.1 传统微生物生态学 | 第10-13页 |
1.1.2 现代微生物生态学 | 第13-16页 |
1.2 环境中微生物的细胞大小和生长速率 | 第16-24页 |
1.2.1 微生物的细胞大小 | 第16-19页 |
1.2.2 微生物的生长速率 | 第19-21页 |
1.2.3 微生物的细胞大小与生长速率的关系 | 第21-24页 |
1.3 本论文的研究方案和意义 | 第24-25页 |
第二章 材料和方法 | 第25-43页 |
2.1 样品采集和处理 | 第25-28页 |
2.1.1 样品采集 | 第25-26页 |
2.1.2 样品处理 | 第26-28页 |
2.2 实验材料 | 第28-30页 |
2.2.1 主要仪器设备 | 第28页 |
2.2.2 主要耗材 | 第28-29页 |
2.2.3 主要试剂 | 第29-30页 |
2.3 DNA提取 | 第30-31页 |
2.4 RNA提取、检测和DNA的同步洗脱 | 第31-33页 |
2.4.1 RNA提取和DNA洗脱 | 第31页 |
2.4.2 RNA定量 | 第31-32页 |
2.4.3 RNA质量检测 | 第32页 |
2.4.4 RNA反转录为cDNA | 第32-33页 |
2.5 常规PCR与荧光定量PCR | 第33-35页 |
2.5.1 常规PCR | 第33-34页 |
2.5.2 荧光定量PCR反应体系和程序 | 第34页 |
2.5.3 荧光定量PCR标准曲线 | 第34-35页 |
2.5.4 待测样品的荧光定量PCR | 第35页 |
2.6 高通量数据分析 | 第35-43页 |
2.6.1 16S rRNA基因V4区数据分析 | 第35-38页 |
2.6.2 宏基因组数据分析 | 第38-43页 |
第三章 结果与分析 | 第43-72页 |
3.1 基于16S rRNA基因的粒径分级样品分析 | 第43-65页 |
3.1.1 四种环境样品各个粒径分级的16S rRNA基因拷贝数 | 第43页 |
3.1.2 分类学水平上不同粒径分级菌群的多样性差异 | 第43-48页 |
3.1.3 各个粒径分级的微生物群落间的beta多样性差异 | 第48页 |
3.1.4 各个粒径分级的微生物群落之间的NMDS分析 | 第48-52页 |
3.1.5 不同粒径分级样品中OTUs聚类分析 | 第52-63页 |
3.1.6 两次同一污水厂活性污泥样品的菌群粒径分布一致性分析 | 第63-65页 |
3.2 基于宏基因组的粒径分级样品分析 | 第65-72页 |
3.2.1 宏基因组数据基本信息 | 第65页 |
3.2.2 基因组基本信息 | 第65页 |
3.2.3 基因组的cluster-groups分析 | 第65-72页 |
第四章 讨论 | 第72-77页 |
4.1 粒径分级和微生物细胞大小聚类分析 | 第72页 |
4.2 微生物细胞大小与分类 | 第72-74页 |
4.2.1 不同细胞大小的微生物类群分布 | 第72页 |
4.2.2 近缘物种的微生物细胞大小 | 第72-74页 |
4.3 微生物细胞大小与丰度 | 第74-75页 |
4.4 活性污泥中不同大小微生物细胞的代谢活性和生长速率 | 第75-77页 |
第五章 结论、创新点和不足 | 第77-79页 |
参考文献 | 第79-88页 |
附录 | 第88-99页 |
致谢 | 第99页 |
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