扩展青霉菌PCR快速检测方法研究

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扩展青霉菌是引起苹果腐烂的主要真菌之一,是棒曲霉素的主要产生菌。棒曲霉素是一种致畸致癌的真菌毒素,国际上对食品中,尤其是果汁中的棒曲霉素含量有明确的规定。要达到控制棒曲霉素的产生量,应该从根本上控制扩展青霉的生长,最直接的方法就是对其进行检测并进行控制。传统的检测扩展青霉素菌的方法主要是培养法,进行形态学的鉴定,耗时且受主观因素影响,不能达到快速检测的目的,这就要求我们寻找一种新的检测方法。近些年来,随着PCR技术在微生物检测方面的发展和应用,其快速准确的特点使其在该方面具有明显的优势,而PCR技术的基础则是基因组DNA的提取。因此,从检测棒曲霉素的产生菌—扩展青霉的检测入手,尽可能的减少产品中该产毒菌,从而减少棒曲霉素的产生,对提高苹果汁的质量有着重要的意义。本研究以棒曲霉素产生菌—扩展青霉为原材料,通过比较5种常用的提取真菌DNA的方法,从而得到最适合扩真情霉菌基因组DNA的提取方法,然后基于PCR检测技术的特点,设计适合于该菌的特异性引物,并优化PCR扩增反应的条件,得到一组适合于扩展青霉菌DNA进行PCR检测的扩增参数,为实际应用和后期发展提供理论依据和基础研究。本研究获得的主要结论有:(1)通过对5种常用的提取真菌DNA的方法及其提取扩展青霉菌的效果,及所提DNA是否适合于后续的分子生物学研究进行比较,得知,氯化苄法是最适合于扩展青霉菌基因组DNA的提取方法,并能满足后续研究的进行。(2)对PCR扩增反应条件进行优化,得到的适合于扩展青霉菌扩增的最佳反应体系为:退火温度57℃,引物浓度为0.40μmol/L,模板DNA质量浓度为8μg/mL。(3)通过特异性和灵敏性试验得知,该反应体系能够特异的扩增出扩展青霉菌,扩增出的目的条带为288bp,该体系能够检测到的最低的DNA浓度为0.1μg/mL,克隆测序结果显示与扩展青霉菌的聚多半乳糖醛酸酶的部分序列同源性达到94%。本研究结果显示该方法能够快速、特异地检测出扩展青霉菌,为控制扩展青霉的生长,从而防止棒曲霉素污染超标提供了一个有效的理论指导,该方法可以用于商业对苹果及苹果汁中感染扩展青霉的检测。
摘要第6-7页
ABSTRACT第7-8页
第一章 文献综述第12-27页
    1.1 我国苹果及其产业的概况第13-14页
        1.1.1 苹果及其分布概述第13页
        1.1.2 苹果产业现状及存在问题第13-14页
    1.2 棒曲霉素第14-17页
        1.2.1 理化性质及危害第14-15页
        1.2.2 分析方法第15-17页
            1.2.2.1 微生物法第16页
            1.2.2.2 TLC 法第16页
            1.2.2.3 GC-MS 法第16页
            1.2.2.4 液相色谱法第16-17页
    1.3 扩展青霉第17-19页
        1.3.1 简述第17-18页
        1.3.2 检测方法第18-19页
    1.4 PCR第19-22页
        1.4.1 简介第19页
        1.4.2 基于 PCR 技术的方法第19-21页
            1.4.2.1 ITS-PCR第19-20页
            1.4.2.2 巢式 PCR第20页
            1.4.2.3 多重 PCR第20页
            1.4.2.4 实时 PCR第20-21页
            1.4.2.5 PCR-ELISA第21页
        1.4.3 PCR 扩增反应体系第21-22页
        1.4.4 PCR 技术的优缺点第22页
    1.5 真菌 DNA 提取第22-23页
        1.5.1 用于 PCR 检测的真菌基因组 DAN 提取方法第22-23页
    1.6 克隆测序第23-25页
        1.6.1 感受态细胞的制备第23-24页
        1.6.2 蓝白筛选的原理第24-25页
        1.6.3 电泳原理第25页
    1.7 研究目的和意义第25页
    1.8 技术路线第25-27页
第二章 扩展青霉基因组 DNA5 种提取方法比较第27-37页
    2.1 材料和仪器第27-29页
        2.1.1 实验菌株及培养基第27页
        2.1.2 主要试剂第27-28页
        2.1.3 主要仪器与设备第28页
        2.1.4 菌体培养及收集第28-29页
    2.2 方法和步骤第29-31页
        2.2.1 氯化苄法第29页
        2.2.2 蜗牛酶法第29页
        2.2.3 CTAB 法第29-30页
        2.2.4 SDS 法第30页
        2.2.5 异硫氰酸胍法第30页
        2.2.6 DNA 检测方法第30页
        2.2.7 PCR 扩增方法第30-31页
        2.2.8 凝胶电泳检测方法第31页
    2.3 结果与分析第31-35页
        2.3.1 培养方式的选择第31-32页
        2.3.2 5 种提取扩展青霉基因组 DNA 方法比较第32页
        2.3.3 5 种提取方法所提 DNA 结果比较第32-33页
        2.3.4 电泳检测所提 DNA 结果第33-34页
        2.3.5 PCR 扩增结果第34-35页
    2.4 小结与讨论第35-37页
        2.4.1 小结第35页
        2.4.2 讨论第35-37页
第三章 PCR 快速检测扩展青霉条件的优化第37-45页
    3.1 材料和仪器第37-38页
        3.1.1 主要原材料第37页
        3.1.2 主要实验试剂第37页
        3.1.3 主要仪器设备第37-38页
    3.2 方法与步骤第38-39页
        3.2.1 引物选择第38页
        3.2.2 退火温度的优化第38页
        3.2.3 引物浓度的选择第38页
        3.2.4 模板浓度的选择第38-39页
    3.3 结果与分析第39-43页
        3.3.1 引物的选择第39页
        3.3.2 退火温度优化第39-40页
        3.3.3 引物浓度优化第40-41页
        3.3.4 模板浓度的优化第41页
        3.3.5 特异性试验第41-42页
        3.3.6 灵敏性检测结果第42-43页
    3.4 小结与讨论第43-45页
        3.4.1 小结第43页
        3.4.2 讨论第43-45页
第四章 PCR 产物的克隆测序第45-52页
    4.1 材料和仪器第45-46页
        4.1.1 主要实验试剂第45页
        4.1.2 主要仪器设备第45-46页
    4.2 方法与步骤第46-48页
        4.2.1 感受态细胞的制备第46页
        4.2.2 PCR 扩增产物回收纯化第46页
        4.2.3 克隆质粒的构建第46-47页
        4.2.4 转化感受态细胞第47页
        4.2.5 质粒 DNA 制备第47-48页
        4.2.6 质粒的双酶切鉴定第48页
        4.2.7 测序第48页
    4.3 结果与分析第48-51页
        4.3.1 转化结果第48-49页
        4.3.2 阳性克隆鉴定结果第49-50页
        4.3.3 测序与 Blast 结果第50-51页
    4.4 小结与讨论第51-52页
        4.4.1 小结第51页
        4.4.2 讨论第51-52页
第五章 结论与创新点第52-53页
    5.1 结论第52页
    5.2 创新点第52-53页
参考文献第53-58页
缩略词表第58-59页
致谢第59-60页
作者简介第60页
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