牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化变异体的克隆及3UTR多态性分析

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牛BBOX1基因定位在牛的15号染色体上,牛15号染色上存在与肉质和胴体性状相关的QTL。本研究通过3’RACE的方法克隆了牛BBOX1基因的选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)的变异体;采用RT-PCR的方法分析了BBOX1基因在牛不同组织中的表达谱;利用PCR-SSCP、PCR-RFLP和测序的方法检测了BBOX1基因3’UTR在研究群体中的多态性,并分析了检测到的基因多态性与牛肉质和胴体性状的相关性。主要研究结果如下:(1)发现了牛BBOX1基因的三个不同的APA变异体,它们的3’UTR长度分别为229bp,664bp和678bp,它们的GenBank登录号分别为:KX431577,KX431578和KX431579。(2)用半定量RT-PCR的方法分析了牛BBOX1基因在不同组织中的表达情况,结果显示BBOX1基因在所选择的组织中都是表达的,其中瘤胃、肝脏和肾脏中的相对表达量较高。(3)在草原红牛群体中,采用PCR-SSCP和测序的方法对BBOX1基因3’UTR进了多态性检测。共检测到4个多态性座位,其中3个为单核苷酸多态性,1个为插入或缺失突变。而且SNP c.650T>C定位在远端poly(A)加尾信号中,使加尾信号序列“AAUAAA”突变成“AACAAA”。在草原红牛群体中,通过PCR-RFLP的方法对4个多态性座位进行基因分型。统计分析了各个多态性座位在群体中的基因频率、基因型频率、多态信息含量、有效等位基因数和期望杂合度等群体遗传学参数。(4)采用一般线性模型进行了BBOX1基因多态性与草原红牛肉质和胴体性状的关联分析。结果显示:多态性座位BBOX1-Bbv I(c.512513insTGC)对肌纤维直径、剪切力、净肉重和胴体重有显著影响(P<0.01);多态性座位BBOX1-HincII(c.650T>C)也只对肌纤维直径、剪切力、净肉重和胴体重有显著影响(P<0.01)。
摘要第3-4页
ABSTRACT第4-5页
前言第7-8页
第一章 文献综述第8-14页
    1.1 APA在生物学过程中的功能第8-10页
    1.2 标记辅助选择育种程序中的应用第10-11页
    1.3 BBOX1基因的研究进展第11-13页
    1.4 研究的目的及主要内容第13-14页
第二章 材料与方法第14-26页
    2.1 实验材料第14-16页
    2.2 实验方法第16-26页
第三章 实验结果与分析第26-34页
    3.1 总RNA的提取与检测结果第26页
    3.2 牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化变异体的克隆第26-28页
    3.3 牛BBOX1基因在各组织中的半定量RT-PCR表达分析第28-29页
    3.4 牛BBOX1基因 3'UTR的多态性分析第29-32页
    3.5 牛BBOX1基因 3’UTR多态性与肉质和胴体性状的关联分析第32-34页
第四章 讨论第34-39页
    4.1 总RNA的提取第34页
    4.2 牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化变异体的克隆及分析第34-35页
    4.3 牛BBOX1基因的组织表达谱第35-36页
    4.4 牛BBOX1基因 3'UTR的多态性分析第36-37页
    4.5 牛BBOX1基因多态性对肉质性状的遗传效应第37-39页
第五章 结论第39-40页
参考文献第40-44页
致谢第44-45页
攻读硕士学位期间发表的学术论文第45页
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