肺炎链球菌胆碱激酶LicA以及磷酸胆碱转移酶LicD2的结构和酶学研究

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肺炎链球菌是引起人类疾病的重要病原菌之一,可引起大叶性肺炎、脑膜炎、支气管炎等疾病,导致全球每年约160万人死亡。肺炎链球菌主要的致病因子包括肺炎链球菌磷壁酸、溶血素及细胞壁荚膜。胆碱是肺炎链球菌细胞壁和夹膜的重要组分,同时也是其生长必须的营养成分。胆碱对肺炎链球菌的分裂、转化、自溶以及胆碱结合蛋白的形成具有至关重要的作用。肺炎链球菌的胆碱合成代谢途径主要由lic基因簇编码的8个蛋白质构成。肺炎链球菌胆碱合成代谢通路的研究有助于我们更好地理解其致病机制,同时对于新型抗菌药物的研制具有重要的指导意义。LicA是肺炎链球菌胆碱激酶,催化ATP和胆碱反应生成ADP和磷酸胆碱。我们通过X射线晶体学的方法解析了LicA的apo-form以及LicA与choline、AMP和ADP复合物晶体结构,衍射分辨率分别为1.94A,2.01A,1.45A和1.86A。LicA的底物结合位点分析以及底物结合相关氨基酸的突变酶活实验揭示了对于催化可能起关键作用的残基。通过复合物结构与apo-form的结构比对我们发现LicA在底物结合以及产物生成时都伴随着诱导契合的构象变化。同源结构比对和序列分析显示LicA与真核胆碱激酶相比在胆碱结合口袋附近的loop α7-α8缺失,这导致LicA酶催化速率降低。另一方面,我们发现抑制剂HC-3在体外对于LicA的酶活有一定的抑制效果,同时在体内也能影响肺炎链球菌的生长和分裂。这些结果为新型抗菌药物的研究提供了一定的理论依据。LicD2是肺炎链球菌的磷酸胆碱转移酶,以CDP-choline作为底物供体,以磷壁酸上的GalNAc作为底物受体,将磷酸胆碱转移到磷壁酸形成磷脂酰胆碱。LicD2作为一个膜结合蛋白,在大肠杆菌重组表达过程中定位在细胞膜上,因此重组LicD2采用膜蛋白方法进行纯化。纯化过程中对于去垢剂的摸索发现利用磷脂酰胆碱类似物型去垢剂Fc-12纯化获得的蛋白状态最优。我们通过荧光光谱实验分别测定了LicD2与CDP-choline和GalNAc的结合解离常数约为145μM和34μM同时,对LicD2及其底物复合物晶体进行了初步研究,并获得了一些晶体生长条件,为后续的LicD2结构与催化机制研究提供一定的理论依据。肺炎链球菌胆碱激酶LicA和磷酸胆碱转移酶LicD2的结构和功能研究有助于我们更好地理解其致病机制,同时对于新型抗菌药物的研制具有重要的指导意义。
摘要第5-6页
Abstract第6-7页
目录第8-11页
第一部分 肺炎链球菌胆碱激酶LicA的结构酶学研究第11-55页
    第一章 LicA研究背景第11-23页
        1.1 引言第11-16页
            1.1.1 肺炎链球菌概述第11-14页
            1.1.2 胆碱对于肺炎链球菌重要意义第14-15页
            1.1.3 肺炎链球菌的胆碱合成代谢通路研究背景第15-16页
        1.2 胆碱激酶第16-20页
            1.2.1 胆碱激酶概述第16-17页
            1.2.2 结构研究状况第17-20页
            1.2.3 功能研究状况第20页
        1.3 肺炎链球菌LicA研究进展第20-23页
    第二章 实验材料、设备与方法第23-31页
        2.1 实验材料与仪器设备第23-24页
            2.1.1 质粒、菌株第23页
            2.1.2 酶类及其它试剂第23-24页
            2.1.3 仪器设备第24页
        2.2 实验方法第24-31页
            2.2.1 基因克隆、位点特异性突变和重组质粒的构建第24-25页
            2.2.2 LicA蛋白的大量表达与纯化第25-26页
            2.2.3 蛋白质结晶、晶体优化及X射线衍射数据收集第26-27页
                2.2.3.1 晶体的初筛与优化及复合物晶体获得第26-27页
                2.2.3.2 衍射数据的收集与处理第27页
            2.2.4 晶体结构解析、模型构建及结构修正第27-29页
            2.2.5 LicA及其突变体蛋白的酶活测定第29页
            2.2.6 抑制剂结合实验第29-30页
            2.2.7 抑制剂的体外和体内效应第30-31页
    第三章 结果与讨论第31-48页
        3.1 LicA的结晶、数据收集、结构解析及修正第31-37页
            3.1.1 LicA及其复合物晶体的生长和优化第31-32页
            3.1.2 LicA及其复合物晶体的结构解析及模型质量分析第32-37页
        3.2 LicA的整体结构及活性位点第37-43页
            3.2.1 LicA的整体结构第37-38页
            3.2.2 LicA-choline复合物结构中的胆碱结合位点第38-39页
            3.2.3 LicA-AMP-MES复合物结构中的AMP和MES结合位点第39-40页
            3.2.4 LicA-ADP-HEPES复合物结构中的ADP和HEPES结合位点第40-41页
            3.2.5 结构比对第41-43页
        3.3 LicA酶活测定第43-44页
        3.4 底物胆碱进入通道及相关结构细节对于活性的影响第44-45页
        3.5 抑制剂HC-3的效应鉴定第45-47页
        3.6 总结第47-48页
    小结第48-49页
    参考文献第49-55页
第二部分 肺炎链球菌磷酸胆碱转移酶LicD2的纯化摸索和初步晶体学研究第55-71页
    第四章 LicD2研究背景第55-61页
        4.1 肺炎链球菌磷酸胆碱转移酶LicD2研究背景第55-57页
        4.2 磷酸胆碱转移酶第57-61页
            4.2.1 磷酸胆碱转移酶概述第57-59页
            4.2.2 Group ⅩⅩⅢ核苷酸转移酶超家族第59页
            4.2.3 Group ⅩⅩⅢ核苷酸转移酶超家族蛋白催化机理第59-61页
    第五章 材料与方法第61-64页
        5.1 重组质粒的构建第61页
        5.2 LicD2蛋白的表达和纯化第61-62页
        5.3 动态光散射测定蛋白质在溶液中的聚集状态第62页
        5.4 LicD2蛋白的晶体初筛和优化第62页
        5.5 LicD2与底物相互作用检测第62-64页
    第六章 结果与讨论第64-68页
        6.1 LicD2的序列分析第64页
        6.2 LicD2蛋白纯化摸索第64-66页
        6.3 LicD2蛋白与底物相互作用第66-67页
        6.4 LicD2及其底物复合物晶体初筛与优化第67-68页
    小结第68-69页
    参考文献第69-71页
第三部分 合作项目第71-77页
    第七章 其他工作第71-75页
        7.1 肺炎链球菌β半乳糖苷酶BgaC的晶体初筛及优化(与成望合作)第71-72页
        7.2 金黄色葡萄球菌SraP配体结合区(SraPBR)与A549细胞黏附实验(与杨益虎合作)第72-73页
        7.3 杂交瘤细胞培养及单克隆抗体的表达与纯化第73-75页
    参考文献第75-77页
附录第77-99页
致谢第99-101页
攻读学位期间发表的学术论文与参加的学术会议第101页
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