参与柿单宁代谢的MYB、bHLH及WD40转录因子基因的克隆及分析

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柿(Diospyros kaki Thunb.)原产于中国,栽培面积和产量均居世界第一,但传统产区多为涩柿,人工脱涩处理耗费大量人力、物力和财力。柿果呈现涩感是因其果肉中单宁细胞的液胞内含有大量的原花青素(Proanthocyanidins, PAs;也称缩合单宁,condensed tannin)之故。单宁作为类黄酮代谢途径的终产物之一,其生成途径有众多结构基因参与,而结构基因的表达又受转录因子调控。已有研究表明,MYB、basic Helix-Loop-Helix (bHLH)和WD40三类转录因子构成MBW复合体,共同调控单宁的代谢途径。但中国原产完全甜柿自然脱涩是否与上述转录因子有关目前尚不清楚。本研究以中国原产完全甜柿‘罗田甜柿’为主要研究试材,分离克隆了MYB、bHLH和WD40三类转录因子,开展了柿单宁代谢调控相关研究工作。具体研究结果如下。1.发育期柿果实单宁含量测定。在花后5周,供试材料中单位果重内可溶性与不溶性单宁含量均最高,并随果实发育而逐渐减少,到花后13周,‘前川次郎’(日本原产完全甜柿)和‘西村早生’(日本原产不完全甜柿)果实已完成脱涩,而‘罗田甜柿’(中国原产完全甜柿)果实在花后21周后脱涩,‘磨盘柿’(中国原产完全涩柿)不能在树上完成脱涩。‘前川次郎’和‘西村早生’单果的单宁含量在果实发育早期停止增长,而‘罗田甜柿’和‘磨盘柿’的单宁累积持续到果实发育后期。2.‘罗田甜柿’乙醇脱涩处理后单宁含量变化。花后17周,对‘罗田甜柿’进行离体35%乙醇脱涩处理,处理两天后,果实脱涩,可以观察到单宁细胞颜色明显加深,果实中可溶性单宁含量显著减少,同时不溶性单宁含量相应增加,可溶性单宁转变为不溶性单宁,果实通过“凝固效应”而脱涩。3.柿MYB基因克隆及分析。以拟南芥和葡萄MYB转录因子序列为信息探针,在柿EST数据库中进行BLAST分析,找到一个候选片段DC587740,随后在‘罗田甜柿’中扩增出其片段,通过3’RACE和5’Hi-TAIL PCR扩增得到其全长序列1152bp,其中ORF长843bp,编码280个氨基酸,将该基因命名为DkPAl,序列已提交GenBank。DkPA1具有MYB转录因子的典型结构域,属于R2R3类MYB转录因子,通过邻接法构建进化树,发现其与已报道的其他物种中参与单宁调控MYB转录因子具有极高的序列相似性。DkPA1在‘罗田甜柿’与‘磨盘柿’中的表达模式与两个材料中单宁的累积模式一致,与结构基因DkDHD、DkSCPL、DkF3’H、DkF3’5’H、DkANR的表达模式也一致。4.柿bHLH基因克隆及分析。以拟南芥bHLH转录因子AtTT8为信息探针,检索柿EST数据库,找到一个候选片段DC587220,在‘罗田甜柿’中扩增出其片段,通过3’RACE和5’Hi-TAILPCR扩增得到其全长序列2687bp,ORF长2160bp,编码719个氨基酸,将该基因命名为DkMYC1,序列已提交GenBank。DkMYC1且有bHLH家族典型的碱性螺旋-环-螺旋结构,属于bHLH转录因子Ⅲf家族成员,与葡萄和拟南芥中参与单宁代谢调控的bHLH转录因子具有极高的序列相似性。在‘罗田甜柿’、‘前川次郎’和‘磨盘柿’中,DkMYC1的表达模式与三个材料中单宁的累积模式一致,也与DkANR、DkF3’5’H等结构基因的表达模式一致。在‘罗田甜柿’中分离得到单宁代谢途径两个特异基因DkLAR和DkANR启动子序列,发现在DkANR的启动子区具有多个bHLH转录因子的关键调控元件MYCATERD1及MYCCONSENSUSAT,进一步确定其受DkMYC1调控。5.柿WD40基因克隆及分析。通过同源克隆法设计简并引物,在‘罗田甜柿’中扩增出WD40基因片段,通过3’RACE和5’Hi-TAIL PCR扩增到全长序列1640bp,ORF全长1014bp,编码337个氨基酸,将该基因命名为DkWD40,序列已提交GenBank。DkWD40具有4个典型WD40结构域,与葡萄VvWDR1相似性最高。在发育期的果实中,DkWD40的表达与单宁代谢途径中结构基因(DkDHD、DkSCPL、 DkF3’H、DkF3’5’H、DkANR)的表达并不十分相符,而与单宁凝固基因CDkADH1)相符。在乙醇脱涩处理果实中,DkWD40也与单宁凝固基因表达一致。将DkWD40构建超表达载体打入农杆菌,并侵染拟南芥花序,转基因后的拟南芥种皮颜色为黑褐色。6.组织特异性表达分析。DkPA1、DkMYC1和DkWD40在四种供试材料茎、叶、花、萼片、果皮、果肉和种子中均有表达,并非果实特异表达基因,在不同品种的不同部位,其丰度不同,在完全涩柿中表达量高于完全甜柿,且在幼嫩的叶和萼片中表达量较高,在果实中的表达量高低与果实中单宁含量成正相关。7.‘华柿1号’种质鉴定。通过测定‘华柿1号’果实单宁含量及单宁细胞大小,观察与统计果实及种子情况,结合RAPD和ISSR等多种分子标记鉴定结果,推测‘华柿1号’是一个起源于日本的不完全涩柿种质,其在柿的遗传改良中可能具有重要价值。本研究从中国原产完全甜柿‘罗田甜柿’中分离到MYB转录因子基因DkPAl, bHLH转录因子基因DkMYCl以及WD40转录因子基因DkWD40,通过在不同脱涩类型的柿品种果实发育期自然脱涩过程及乙醇脱涩处理前后果实中进行实时定量表达分析,结合单宁含量测定及单宁代谢结构基因表达情况,推测DkPAl和DkMYCl直接参与柿果实发育期单宁代谢调控,而DkWD40参与可溶性单宁向不溶性单宁转化的脱涩过程。
摘要第10-13页
ABSTRACT第13-16页
缩略语表第17-19页
1 前言第19-39页
    1.1 课题的提出第19-22页
    1.2 前人研究进展第22-38页
        1.2.1 单宁的分类、组成及用途第22-23页
        1.2.2 单宁的生成、转运及聚合第23-30页
            1.2.2.1 单宁生成途径第24-25页
            1.2.2.2 核心类黄酮途径关键酶基因第25-27页
            1.2.2.3 单宁特异生成途径关键酶基因第27-28页
            1.2.2.4 单宁前体物质转运跨膜与聚合第28-30页
        1.2.3 MYB转录因子与单宁的生成第30-34页
            1.2.3.1 MYB转录因子结构特征第31页
            1.2.3.2 MYB转录因子与单宁的生成第31-34页
        1.2.4 bHLH转录因子与单宁的生成第34-36页
            1.2.4.1 bHLH转录因子结构特征第34-35页
            1.2.4.2 bHLH转录因子与单宁的生成第35-36页
        1.2.5 WD40转录因子与单宁的生成第36-37页
            1.2.5.1 WD40转录因子结构特征第36页
            1.2.5.2 WD40转录因子与单宁的生成第36-37页
        1.2.6 柿单宁与柿果脱涩第37-38页
    1.3 研究目的和研究内容第38-39页
2 发育期柿果单宁含量测定及分析第39-50页
    2.1 前言第39页
    2.2 材料与方法第39-41页
        2.2.1 试验材料第39页
        2.2.2 可溶性单宁含量测定第39-40页
        2.2.3 不溶性单宁含量测定第40页
        2.2.4 单宁定性分析第40-41页
    2.3 结果与分析第41-48页
        2.3.1 柿果发育过程中可溶性单宁含量变化第42-44页
        2.3.2 柿果发育过程中不溶性单宁含量变化第44-47页
        2.3.3 柿果实发育过程中单宁定性分析第47-48页
    2.4 讨论第48-50页
3 柿MYB转录因子的基因克隆、表达及功能分析第50-73页
    3.1 前言第50页
    3.2 试验材料第50页
        3.2.1 本研究所用试材第50页
        3.2.2 载体与菌株第50页
    3.3 试验方法第50-59页
        3.3.1 总DNA提取第50-51页
        3.3.2 总RNA提取第51-52页
        3.3.3 DNA与RNA质量及浓度检测第52页
        3.3.4 cDNA合成第52-54页
        3.3.5 MYB基因克隆及测序第54-57页
            3.3.5.1 MYB基因片段PCR扩增第54页
            3.3.5.2 PCR产物回收与纯化第54页
            3.3.5.3 目的片段与克隆载体连接第54-55页
            3.3.5.4 感受态细胞制备第55页
            3.3.5.5 重组质粒的转化与测序第55-56页
            3.3.5.6 3'RACE及5'Hi-TAIL PCR扩增第56-57页
            3.3.5.7 MYB基因全长扩增第57页
        3.3.6 生物信息学分析第57-58页
        3.3.7 实时定量表达分析第58页
        3.3.8 柿MYB基因分析第58-59页
    3.4 结果与分析第59-69页
        3.4.1 DNA与RNA提取结果第59页
        3.4.2 反转录前去除基因组DNA第59-60页
        3.4.3 MYB基因的克隆第60-61页
        3.4.4 DkPA1蛋白序列分析第61-63页
        3.4.5 DkPA1 DNA序列分析第63-66页
        3.4.6 DkPA1基因的时空表达分析第66-69页
    3.5 讨论第69-73页
        3.5.1 DkPA1基因的分离及序列分析第69-71页
        3.5.2 DkPA1表达分析第71-73页
4 柿bHLH转录因子基因克隆、表达及分析第73-84页
    4.1 前言第73页
    4.2 试验材料第73页
        4.2.1 本研究所用试材第73页
    4.3 试验方法第73-75页
        4.3.1 总DNA提取第73页
        4.3.2 总RNA提取与反转录第73页
        4.3.3 bHLH基因克隆及测序第73-74页
            4.3.3.1 bHLH基因片段PCR扩增第73-74页
            4.3.3.2 3'RACE及5’Hi-TAIL PCR扩增第74页
            4.3.3.3 bHLH基因全长扩增第74页
        4.3.4 生物信息学分析第74页
        4.3.5 实时定量表达分析第74页
        4.3.6 DkLAR与DkANR启动子克隆第74-75页
        4.3.7 DkLAR与DkANR启动子序列分析第75页
    4.4 结果与分析第75-81页
        4.4.1 DkMYC1基因的克隆第75-76页
        4.4.2 DkMYC1序列分析第76-78页
        4.4.3 DkMYC1基因的时空表达分析第78-80页
        4.4.4 DkLAR与DkANR启动子序列克隆及分析第80-81页
    4.5 讨论第81-84页
5 柿WD40转录因子基因克隆、表达及功能分析第84-99页
    5.1 前言第84页
    5.2 试验材料第84-85页
        5.2.1 本研究所用试材第84页
        5.2.2 载体与菌株第84页
        5.2.3 拟南芥材料第84-85页
    5.3 试验方法第85-89页
        5.3.1 总DNA提取第85页
        5.3.2 总RNA提取与反转录第85页
        5.3.3 DkWD40基因克隆及测序第85-86页
            5.3.3.1 DkWD40基因片段PCR扩增第85页
            5.3.3.2 3'RACE及5'Hi-TAIL PCR扩增第85页
            5.3.3.3 DkWD40基因全长扩增第85-86页
        5.3.4 生物信息学分析第86页
        5.3.5 实时定量表达分析第86页
        5.3.6 DkWD40超表达载体构建第86-87页
            5.3.6.1 质粒提取第86页
            5.3.6.2 DkWD40超表达载体构建第86-87页
        5.3.7 根癌农杆菌介导的拟南芥遗传转化第87-89页
            5.3.7.1 根癌农杆菌感受态制备第87-88页
            5.3.7.2 冻融法转化第88页
            5.3.7.3 花侵染法转化拟南芥第88-89页
            5.3.7.4 阳性单株筛选与鉴定第89页
    5.4 结果与分析第89-96页
        5.4.1 DkWD40基因的克隆第89-91页
        5.4.2 DkWD40序列分析第91-93页
        5.4.3 DkWD40的时空表达分析第93-96页
        5.4.4 DkWD40基因转拟南芥鉴定功能第96页
    5.5 讨论第96-99页
6 柿果实乙醇脱涩处理后相关结构基因与转录因子基因表达分析第99-105页
    6.1 前言第99页
    6.2 材料与方法第99-100页
        6.2.1 本研究所用试材第99页
        6.2.2 柿离体果实乙醇脱涩处理第99页
        6.2.3 可溶性及不溶性单宁含量测定第99页
        6.2.4 单宁细胞形态观察第99-100页
        6.2.5 实时定量表达分析第100页
    6.3 结果与分析第100-102页
        6.3.1 脱涩前后柿果实可溶性及不溶性单宁含量变化第100页
        6.3.2 单宁细胞变化第100-101页
        6.3.3 相关结构基因及转录因子基因表达分析第101-102页
    6.4 讨论第102-105页
7 不完全涩柿‘华柿1号’的种质鉴定第105-113页
    7.1 前言第105页
    7.2 材料与方法第105-107页
        7.2.1 本研究所有试材第105-106页
        7.2.2 单宁细胞大小测定第106页
        7.2.3 可溶性及不溶性单宁含量测定第106页
        7.2.4 ‘华柿1号’果实观察与统计第106-107页
    7.3 结果与分析第107-111页
        7.3.1 ‘华柿1号’单宁细胞大小第107页
        7.3.2 ‘华柿1号’单宁含量测定结果第107-108页
        7.3.3 ‘华柿1号’果实观察与统计第108-111页
    7.4 讨论第111-113页
8 全文总结第113-117页
    8.1 柿果实脱涩特点第113-114页
    8.2 转录因子在柿单宁代谢中的作用第114-116页
    8.3 进一步研究设想第116-117页
参考文献第117-139页
附录第139-145页
    附录Ⅰ 本研究所用实时定量引物序列第139-140页
    附录Ⅱ DkPA1基因扩增引物序列第140页
    附录Ⅲ DkMYC1基因扩增引物序列第140-141页
    附录Ⅳ DkWD40基因扩增引物序列第141-142页
    附录Ⅴ DkLAR与DkANR启动子序列第142-144页
    附录Ⅵ 攻读博士学位期间发表或待发表论文第144-145页
致谢第145-146页
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