超级杂交稻母本株1S CHLH cDNA的生物信息学分析与克隆
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超级杂交稻是在我国种植面积极广的一种水稻品种,目前我国的超级杂交稻在超高产育种领域已取得了令世界瞩目的成就。对脱落酸结合蛋白研究是研究脱落酸受体的重要途径,脱落酸受体一直是研究脱落酸信号转导的热点,并取得了很多进展。本研究利用生物信息学方法结合分子生物学、遗传学等手段,为研究脱落酸受体镁离子螯合酶H亚基(Mg-chelatase H subunit,CHLH)提供了帮助。本研究通过生物信息学分析为基础,利用拟南芥中编码CHLH的cDNA,对水稻核酸数据库和水稻EST数据库进行检索,通过得到的EST序列和检索到的水稻核酸序列进行比较分析,得到水稻CHLH的cDNA。以超级杂交稻母本株1S为材料提取总RNA,并反转录成cDNA,用得到的序列设计特异引物,经PCR扩增出株1S cDNA片段,cDNA片段经T-A克隆后进行测序,获得一条长1350bp序列和一条长871bp序列。提交1350bp序列至GenBank数据库后接收,登录号为EU569725。
摘要 | 第4-5页 |
Abstract | 第5页 |
第一章 文献综述 | 第8-18页 |
1 超级杂交稻育种的新要求 | 第8-9页 |
2 植物中脱落酸的生理作用 | 第9-11页 |
2.1 脱落酸在植物生长发育中的作用 | 第9-10页 |
2.1.1 抑制与促进生长 | 第9页 |
2.1.2 影响芽与种子休眠 | 第9页 |
2.1.3 影响开花 | 第9-10页 |
2.2 脱落酸在植物抗性方面的作用 | 第10-11页 |
2.2.1 脱落酸的抗逆性作用 | 第10页 |
2.2.2 脱落酸的抗病性作用 | 第10-11页 |
3 植物中脱落酸信号的传递 | 第11-15页 |
3.1 脱落酸信号的感受 | 第11-13页 |
3.2 脱落酸信号的转导 | 第13-15页 |
4 镁离子螯合酶的研究 | 第15-17页 |
5 论文研究内容与意义 | 第17-18页 |
第二章 生物信息学分析 | 第18-32页 |
1 水稻CHLH cDNA的获得 | 第18-20页 |
1.1 拟南芥CHLH序列的检索 | 第18页 |
1.2 水稻CHLH基因的电子克隆 | 第18-20页 |
2 生物信息学分析与比对 | 第20-30页 |
2.1 氨基酸序列的推测 | 第20-21页 |
2.2 蛋白质同源性比对 | 第21-26页 |
2.3 蛋白质二级结构的预测 | 第26-28页 |
2.4 蛋白质的跨膜区预测与亚细胞定位 | 第28-29页 |
2.5 蛋白质的功能结构域预测 | 第29-30页 |
2.6 系统进化分析 | 第30页 |
3 讨论 | 第30-32页 |
第三章 超级杂交稻CHLH cDNA序列的克隆 | 第32-42页 |
1 材料 | 第32页 |
1.1 植物材料 | 第32页 |
1.2 菌株 | 第32页 |
2 试剂与仪器 | 第32-33页 |
2.1 试剂 | 第32页 |
2.2 主要仪器 | 第32-33页 |
3 实验方法 | 第33-39页 |
3.1 总RNA的提取及其质量检测 | 第33-34页 |
3.1.1 总RNA的提取 | 第33页 |
3.1.2 总RNA的质量检测 | 第33-34页 |
3.2 用RT-PCR的方法获得CHLH cDNA片段 | 第34-39页 |
3.2.1 引物的设计 | 第34页 |
3.2.2 cDNA第一链的合成 | 第34-35页 |
3.2.3 CHLH cDNA片段的PCR扩增 | 第35-36页 |
3.2.4 切胶回收目的片段 | 第36-37页 |
3.2.5 将回收的目的片段克隆到PMD19-T载体上 | 第37页 |
3.2.6 大肠杆菌感受态细胞的制备及转化 | 第37页 |
3.2.7 目的片段的鉴定及测定 | 第37-39页 |
4 结果与分析 | 第39-41页 |
4.1 提取的总RNA的完整性检测 | 第39-40页 |
4.2 CHLH cDNA片段的PCR扩增 | 第40-41页 |
4.3 CHLH cDNA片段的克隆 | 第41页 |
5 讨论 | 第41-42页 |
结论 | 第42-43页 |
参考文献 | 第43-50页 |
附录A | 第50-51页 |
附录B | 第51-57页 |
附录C | 第57-61页 |
附录D | 第61-64页 |
附录E | 第64-65页 |
致谢 | 第65-66页 |
作者简介 | 第66页 |
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