鞍山热泉的嗜热菌资源研究及深海沉积物的微生物多样性分析
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本论文采用纯培养方法从我国辽宁鞍山热泉水样中共分离得到29株嗜热细菌,16S rDNA序列分析和比对结果表明,该热泉的嗜热细菌以芽孢杆菌为主,并且主要分布在Anoxybacillus和Geobacillus 2个属中,7株非芽孢杆菌则属于Meiothermus属和Thermus属。这一结果表明,中度嗜热芽孢杆菌在中温环境中占据优势地位。同时对上述菌株进行嗜热酶定性分析,结果表明,以脂肪酶和淀粉酶为主,少量产木聚糖酶。从太平洋多金属结核区(EP2005-04、ES0505)、东太平洋中脊(EPRTG5)和西南印度洋中脊(SWIR-TVG3)的四个站点沉积物中直接提取环境总DNA,构建16S rRNA基因文库。经序列测定及比对分析表明,四个站点的细菌文库分别涵盖了10、11、7和10个类群的细菌,包括α变形菌纲、β变形菌纲、γ变形菌纲、δ变形菌纲、浮霉菌门、酸杆菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群(CFB)、硝化螺旋菌门、放线菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、异常球菌-栖热菌门、疣微菌门、绿菌门和candidate division OP11。除EPRTG5外,其他三个站点具有相同的优势种群——γ变形菌纲,而且具有丰富的细菌多样性。EPRTG5和SWIR-TVG3站点的古菌文库包括泉古生菌门和广古生菌门2个类群,其中以泉古生菌门的Marine GroupⅠ为主。LIBSHUFF数据分析结果表明,各站点间的细菌组成及EPRTG5和SWIR-TVG3站点间的古菌组成都具有显著性差异,不同站点的种群组成变化明显。从东太平洋中脊EPR-A-1站点的深海热液口沉积物中分离到一株中度嗜热的厌氧菌Z341,该菌株为革兰氏阳性杆菌,与分离自大西洋中脊深海热液口沉积物的Caloranaerobacter azorensis的相似性为98%。
摘要 | 第3-4页 |
ABSTRACT | 第4-5页 |
第一章 绪论 | 第9-19页 |
1 嗜热微生物和嗜热酶简介 | 第9-11页 |
1.1 嗜热微生物 | 第9-10页 |
1.2 嗜热酶简介 | 第10-11页 |
2 深海微生物多样性研究进展 | 第11-13页 |
2.1 深海环境的特点 | 第11页 |
2.2 深海多金属结核区 | 第11页 |
2.3 深海热液口环境的特点及其微生物多样性 | 第11-13页 |
3 分子微生态研究方法 | 第13-18页 |
3.1 土壤和沉积物中DNA的提取和纯化 | 第14-18页 |
3.3.1 DNA的提取 | 第14-17页 |
3.3.2 DNA的纯化 | 第17-18页 |
3.3.3 总结 | 第18页 |
4 研究目的和意义 | 第18-19页 |
第二章 鞍山热泉嗜热菌的分离及嗜热酶筛选 | 第19-33页 |
1 材料与方法 | 第19-23页 |
1.1 样品 | 第19页 |
1.2 仪器和试剂 | 第19-20页 |
1.3 培养基 | 第20页 |
1.4 菌株的富集和分离纯化 | 第20-21页 |
1.5 菌株16S RDNA系统发育分析 | 第21页 |
1.6 筛酶底物的制备 | 第21-22页 |
1.7 产酶定性实验 | 第22-23页 |
2 结果 | 第23-31页 |
2.1 菌株的分离 | 第23页 |
2.2 菌株鉴定 | 第23-30页 |
2.3 嗜热酶筛选 | 第30-31页 |
3 讨论 | 第31-33页 |
3.1 嗜热菌的系统发育地位 | 第31-32页 |
3.2 嗜热酶资源 | 第32-33页 |
第三章 深海沉积物微生物多样性的分析 | 第33-73页 |
1 材料和方法 | 第33-37页 |
1.1 样品 | 第33-34页 |
1.2 仪器和试剂 | 第34-35页 |
1.3 实验方法 | 第35-37页 |
1.3.1 总DNA的提取 | 第35页 |
1.3.2 PCR扩增 | 第35-36页 |
1.3.3 PCR产物回收和纯化 | 第36页 |
1.3.4 16S RDNA文库的构建 | 第36页 |
1.3.5 重组子的鉴定 | 第36-37页 |
1.3.6 构建系统发育树 | 第37页 |
1.3.7 微生物多样性的比较分析 | 第37页 |
2 结果 | 第37-66页 |
2.1 环境总DNA的提取和PCR扩增 | 第37-38页 |
2.2 深海沉积物细菌16S RDNA序列分析结果 | 第38-45页 |
2.3 深海沉积物细菌16S RDNA文库系统发育分析 | 第45-54页 |
2.4 深海沉积物不同站点细菌种群的分布 | 第54-55页 |
2.5 深海沉积物古菌16S RDNA序列分析结果 | 第55-58页 |
2.6 深海沉积物古菌16S RDNA文库系统发育分析 | 第58-61页 |
2.7 不同站点深海沉积物的多样性比较结果 | 第61-66页 |
2.7.1 细菌多样性比较结果 | 第61-64页 |
2.7.2 古菌多样性比较结果 | 第64-66页 |
3 讨论 | 第66-73页 |
3.1 环境总DNA的提取和纯化 | 第66页 |
3.2 PCR的偏向性 | 第66-67页 |
3.3 太平洋多金属结核区细菌多样性 | 第67-68页 |
3.4 东太平洋中脊细菌多样性 | 第68-69页 |
3.5 西南印度洋中脊细菌多样性 | 第69-71页 |
3.6 东太平洋和西南印度洋中脊古菌多样性 | 第71-72页 |
3.7 各站点微生物种群组成差异性 | 第72-73页 |
第四章 深海热液口沉积物嗜热厌氧菌的分离 | 第73-78页 |
1 材料和方法 | 第73-75页 |
1.1 样品 | 第73页 |
1.2 仪器和试剂 | 第73页 |
1.3 厌氧培养基 | 第73-74页 |
1.4 菌株的富集和分离纯化 | 第74页 |
1.5 菌株16S RDNA系统发育分析 | 第74-75页 |
1.6 序列分析及比对 | 第75页 |
2 结果 | 第75-76页 |
2.1 菌株的分离 | 第75页 |
2.2 菌株鉴定 | 第75-76页 |
3 讨论 | 第76-78页 |
结论 | 第78-80页 |
问题与展望 | 第80-81页 |
参考文献 | 第81-90页 |
致谢 | 第90页 |
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