鞍山热泉的嗜热菌资源研究及深海沉积物的微生物多样性分析

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本论文采用纯培养方法从我国辽宁鞍山热泉水样中共分离得到29株嗜热细菌,16S rDNA序列分析和比对结果表明,该热泉的嗜热细菌以芽孢杆菌为主,并且主要分布在Anoxybacillus和Geobacillus 2个属中,7株非芽孢杆菌则属于Meiothermus属和Thermus属。这一结果表明,中度嗜热芽孢杆菌在中温环境中占据优势地位。同时对上述菌株进行嗜热酶定性分析,结果表明,以脂肪酶和淀粉酶为主,少量产木聚糖酶。从太平洋多金属结核区(EP2005-04、ES0505)、东太平洋中脊(EPRTG5)和西南印度洋中脊(SWIR-TVG3)的四个站点沉积物中直接提取环境总DNA,构建16S rRNA基因文库。经序列测定及比对分析表明,四个站点的细菌文库分别涵盖了10、11、7和10个类群的细菌,包括α变形菌纲、β变形菌纲、γ变形菌纲、δ变形菌纲、浮霉菌门、酸杆菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群(CFB)、硝化螺旋菌门、放线菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、异常球菌-栖热菌门、疣微菌门、绿菌门和candidate division OP11。除EPRTG5外,其他三个站点具有相同的优势种群——γ变形菌纲,而且具有丰富的细菌多样性。EPRTG5和SWIR-TVG3站点的古菌文库包括泉古生菌门和广古生菌门2个类群,其中以泉古生菌门的Marine GroupⅠ为主。LIBSHUFF数据分析结果表明,各站点间的细菌组成及EPRTG5和SWIR-TVG3站点间的古菌组成都具有显著性差异,不同站点的种群组成变化明显。从东太平洋中脊EPR-A-1站点的深海热液口沉积物中分离到一株中度嗜热的厌氧菌Z341,该菌株为革兰氏阳性杆菌,与分离自大西洋中脊深海热液口沉积物的Caloranaerobacter azorensis的相似性为98%。
摘要第3-4页
ABSTRACT第4-5页
第一章 绪论第9-19页
    1 嗜热微生物和嗜热酶简介第9-11页
        1.1 嗜热微生物第9-10页
        1.2 嗜热酶简介第10-11页
    2 深海微生物多样性研究进展第11-13页
        2.1 深海环境的特点第11页
        2.2 深海多金属结核区第11页
        2.3 深海热液口环境的特点及其微生物多样性第11-13页
    3 分子微生态研究方法第13-18页
        3.1 土壤和沉积物中DNA的提取和纯化第14-18页
            3.3.1 DNA的提取第14-17页
            3.3.2 DNA的纯化第17-18页
            3.3.3 总结第18页
    4 研究目的和意义第18-19页
第二章 鞍山热泉嗜热菌的分离及嗜热酶筛选第19-33页
    1 材料与方法第19-23页
        1.1 样品第19页
        1.2 仪器和试剂第19-20页
        1.3 培养基第20页
        1.4 菌株的富集和分离纯化第20-21页
        1.5 菌株16S RDNA系统发育分析第21页
        1.6 筛酶底物的制备第21-22页
        1.7 产酶定性实验第22-23页
    2 结果第23-31页
        2.1 菌株的分离第23页
        2.2 菌株鉴定第23-30页
        2.3 嗜热酶筛选第30-31页
    3 讨论第31-33页
        3.1 嗜热菌的系统发育地位第31-32页
        3.2 嗜热酶资源第32-33页
第三章 深海沉积物微生物多样性的分析第33-73页
    1 材料和方法第33-37页
        1.1 样品第33-34页
        1.2 仪器和试剂第34-35页
        1.3 实验方法第35-37页
            1.3.1 总DNA的提取第35页
            1.3.2 PCR扩增第35-36页
            1.3.3 PCR产物回收和纯化第36页
            1.3.4 16S RDNA文库的构建第36页
            1.3.5 重组子的鉴定第36-37页
            1.3.6 构建系统发育树第37页
            1.3.7 微生物多样性的比较分析第37页
    2 结果第37-66页
        2.1 环境总DNA的提取和PCR扩增第37-38页
        2.2 深海沉积物细菌16S RDNA序列分析结果第38-45页
        2.3 深海沉积物细菌16S RDNA文库系统发育分析第45-54页
        2.4 深海沉积物不同站点细菌种群的分布第54-55页
        2.5 深海沉积物古菌16S RDNA序列分析结果第55-58页
        2.6 深海沉积物古菌16S RDNA文库系统发育分析第58-61页
        2.7 不同站点深海沉积物的多样性比较结果第61-66页
            2.7.1 细菌多样性比较结果第61-64页
            2.7.2 古菌多样性比较结果第64-66页
    3 讨论第66-73页
        3.1 环境总DNA的提取和纯化第66页
        3.2 PCR的偏向性第66-67页
        3.3 太平洋多金属结核区细菌多样性第67-68页
        3.4 东太平洋中脊细菌多样性第68-69页
        3.5 西南印度洋中脊细菌多样性第69-71页
        3.6 东太平洋和西南印度洋中脊古菌多样性第71-72页
        3.7 各站点微生物种群组成差异性第72-73页
第四章 深海热液口沉积物嗜热厌氧菌的分离第73-78页
    1 材料和方法第73-75页
        1.1 样品第73页
        1.2 仪器和试剂第73页
        1.3 厌氧培养基第73-74页
        1.4 菌株的富集和分离纯化第74页
        1.5 菌株16S RDNA系统发育分析第74-75页
        1.6 序列分析及比对第75页
    2 结果第75-76页
        2.1 菌株的分离第75页
        2.2 菌株鉴定第75-76页
    3 讨论第76-78页
结论第78-80页
问题与展望第80-81页
参考文献第81-90页
致谢第90页
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